Question

我有以下情况

检查点 A 在文件夹A_Out中创建文件（1或2）
检查点 B 将A_Out中的所有文件作为输入，并在B_Out中生成文件（1或2）
我有条件规则 C ，可以从A或B接收输入并产生最终输出

我正在使用以下代码，

checkpoint A:
   output: directory("A_Out")
   # Rest of the logic

def collect_a(wildcards):
   path = checkpoints.A.get(**wildcards).output[0]
   return expand("{path}/{file}.txt",
                  path=path,
                  file=glob_wildcards(os.path.join(path, "{name}.txt")).name)

checkpoint B:
   input: collect_a
   output: directory("B_Out")
   # Rest of the logic

def collect_b(wildcards):
   path = checkpoints.B.get(**wildcards).output[0]
   return expand("{path}/{file}.txt",
                  path=path,
                  file=glob_wildcards(os.path.join(path, "{name}.txt")).name)

def conditional_input(wildcards):
   if condition_A:
      return collect_a(wildcards)
   else:
      return collect_b(wildcards)

rule c:
   input: conditional_input
   # Rest of the logic

在上述情况下，当condition_a为False时，它仅评估检查点B，而不评估检查点A。如何解决此问题？还是还有其他优雅的方式？

Answer 1

这些级联的检查点调用非常有问题，并且存在一些与之相关的问题。如果您进一步充实示例，可以假定您使用的是最新版本的snakemake，可以将问题提交给github。

作为一种解决方法，您可以尝试在每个目录中添加一个临时信号文件以指示规则已完成。然后，您需要在规则代码中添加通配符。

不太好，但是可以工作。因为您有一个临时输入作为信号，所以即使其他文件已经存在，规则也会每次重新运行。 snakemake不知道它们是输出。另一种选择是预先检查您的输入，以确定是否将生成一个或两个文件，然后将其绕过检查点与您的输入函数逻辑联系起来。

Snakemake级联检查点不起作用

1 个答案: