查询biomart时出现内部服务器错误？

Question

在使用biomaRt软件包执行R命令时，经常会出现错误“内部服务器错误（HTTP 500）”。像

这样的基本命令

ensembl<-useMart("ensembl")
ensembl <- useMart("ensembl", dataset="hsapiens_gene_ensembl")

但是这些命令有时会起作用。我不确定这是否是Biomart服务器端的问题，或者是否有可能导致此问题的原因，例如旧软件包（我尝试重新安装Biomart）。有没有人处理过类似的问题？

Answer 1

我通过将mirror参数设置为“ useast”来规避了这一问题。有效的镜像选项是“ www”，“ uswest”，“ useast”，“ asia”。如果未指定镜像，则将使用www.ensembl.org上的主站点（看来它们在主站点上超载了）。

ensembl = useEnsembl(biomart = "ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl", mirror = "useast")