Question

我正在尝试使用“ devtools”在R 3.6上安装RADammi软件包，但是我收到此错误：

将软件包安装到“ C：/Users/taham/Documents/R/win-library/3.6” （因为未指定“ lib”）

错误：依赖项“ Biostrings”，“ IRanges”不适用于程序包“ RADami” *删除“ C：/Users/taham/Documents/R/win-library/3.6/RADami”

错误：无法从URL安装“未知软件包”：（从警告转换）软件包>'C：/ Users / taham / AppData / Local / Temp / RtmpycMnQ2 / remotes11246cb38f0 / RADami'的安装状态为非零退出。

这是一个旧软件包，已从CRAN中删除 https://rdrr.io/cran/RADami/

我应该如何安装？

更新：我终于可以使用以下命令设法安装两个依赖项：

if（！requireNamespace（“ BiocManager”，静默= TRUE））

install.packages（“ BiocManager”）

BiocManager :: install（“ Biostrings”）

BiocManager :: install（“ IRanges”）

我已经下载了RADami的zip压缩文件，并尝试安装该软件包，我再次收到此胎儿错误：

install.packages（“ C：/Users/taham/Downloads/RADami_1.1-2.tar.gz”，存储库= NULL，类型=“源”）

将软件包安装到“ C：/Users/taham/Documents/R/win-library/3.6” （因为未指定“ lib”）

安装 source 软件包'RADami'...

**软件包“ RADami”已成功解压并检查了MD5的总和

**使用分阶段安装

** R

**数据

**安装

**字节编译并准备用于延迟加载的包

错误：“名称空间：猿”未导出对象“ c.phylo”，“ c.multiPhylo” 执行停止

错误：软件包“ RADami”的延迟加载失败

删除“ C：/Users/taham/Documents/R/win-library/3.6/RADami”

install.packages中的警告：

安装软件包“ C：/Users/taham/Downloads/RADami_1.1-2.tar.gz”的状态为非零退出状态

使用devtools时出现相同的错误

Answer 1

听起来您需要首先从BioConductor安装“ IRanges”和“ Biostrings”：

library(devtools)
install_bioc("IRanges")
install_bioc("Biostrings")

尽管它们还有其他依赖性，例如“ S4Vector”，您可能还需要手动安装。

那么您应该能够安装RADami：

install_url("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/RADami/RADami_1.0-3.tar.gz")

Answer 2

从CRAN归档文件安装时，我也遇到了这个问题，但是可以成功地从开发人员的Github安装它。在R中：

$data = [
    'items' => Model::all(),
    'max_id' => 99,
];

无法安装RADammi软件包

2 个答案: