Question

我使用R中的topGO包来分析基因富集，使用以下代码：

sampleGOdata <- new("topGOdata", description = "Simple session", ontology = "BP",
                    allGenes = geneList, geneSel = topDiffGenes, nodeSize = 10, 
                    annot = annFUN.db, affyLib = affyLib)
resultFisher <- runTest(sampleGOdata, algorithm = "classic", statistic = "fisher")
allRes <- GenTable(sampleGOdata, classicFisher = resultFisher, orderBy = "fisher", 
                   ranksOf = "classicFisher",topNodes = 10)

我想查看并更改RunTest函数和GenTable函数来更改ResultTable，但我不知道如何显示该函数。使用getAnywhere("GenTable")我没有得到我想要的硬代码。

getAnywhere("GenTable")

找到匹配'GenTable'的单个对象

在以下地方发现

package:topGO

namespace:topGO

有价值

function (object, ...)
standardGeneric("GenTable")
<environment: 0x16a30c10>
attr(,"generic")
[1] "GenTable"
attr(,"generic")attr(,"package")
[1] "topGO"
attr(,"package")
[1] "topGO"
attr(,"group")
list()
attr(,"valueClass")
character(0)
attr(,"signature")
[1] "object"
attr(,"default")
`NULL`
attr(,"skeleton")
function (object, ...)
stop("invalid call in method dispatch to \"GenTable\" (no default method)",
domain = NA)(object, ...)
attr(,"class")
[1] "standardGeneric"
attr(,"class")attr(,"package")
[1] "methods"

我该怎么做？

Answer 1

使用getMethod()并指定签名。在您的情况下，可能是例如：

getMethod("GenTable","topGOdata")

显示topGOdata对象的GenTable方法。在这种情况下，只有为topGOdata对象定义的方法。如果有不同签名的方法，showMethods()将告诉您哪些签名。在你的情况下：

showMethods("GenTable")
# Function: GenTable (package topGO)
# object="topGOdata"

您可以通过在getMethod()函数中指定签名来获取所需签名的代码。

Answer 2

我知道这是一个老问题，但为了未来搜索者的完整性，还有一个名为

的功能

selectMethod

与getMethod不同，您可以使用继承。这就是我找到具有多个签名的通用函数的源代码的方法。

Answer 3

请注意，从R版2.11.0开始，需要使用findMehtods()。以下是更改日志的摘录。

getMethods()现已弃用，其内部使用已被替换通过findMethods()和其他更改。从中创建对象 {@ 1}}类也已弃用。

如何在包中显示S4功能的源代码？

3 个答案: