Question

我正在尝试在snakemake中建立makeblastdb数据库：

workdir: "/path/to/workdir/"

(SAMPLES,) =glob_wildcards('/path/to/workdir/{sample}.fasta')

rule all:
    input: 
        expand("{sample}.fasta.{ext}", sample=SAMPLES, ext=["nhr", "nin", "nsq"])

rule makeblastdb:
    input:
        reference = "/path/to/workdir/{sample}.fasta"
    output:
        out = "{sample}.fasta.{ext}"
    shell:
        /Tools/ncbi-blast-2.9.0+/bin/makeblastdb -in {input.reference} -out {output.out} -dbtype nucl"

我收到此错误：

MissingOutputException in line 11:
Missing files after 10 seconds:
This might be due to filesystem latency. If that is the case, consider to increase the wait time with --latency-wait.

出什么问题了？

Answer 1

正如您在注释中指出的那样，您不知道输出了多少文件。有两种选择：

利用输出directories。
使用checkpoints，但是正确理解（在我看来）有点棘手。

未经测试，但可能会起作用：

规则makeblastdb：输入：参考=“ /path/to/workdir/{sample}.fasta” 输出： out =“ {sample} .fasta。{ext}” 贝壳： /Tools/ncbi-blast-2.9.0+/bin/makeblastdb -in {input.reference} -out {output.out} -dbtype nucl“

在这里，我们将输出标记为名为sample-ext的输出目录，而ncbi-blast的输出将在此目录中称为sample.ext。

修改：

如果我们不希望所有这些输出目录，我们可以做的就是说，我们期望至少有1个输出，如果存在，则假定一切正常：

rule makeblastdb:
    input:
        reference = "/path/to/workdir/{sample}.fasta"
    output:
        out = "{sample}.fasta.00.{ext}
    shell:
        /Tools/ncbi-blast-2.9.0+/bin/makeblastdb -in {input.reference} -out {wildcards.sample}.fasta.{wildcards.ext} -dbtype nucl"

Answer 2

makeblastdb完成后，我将触摸一个文件，并将该文件用作需要blast数据库的规则的虚拟输入。这样，您就可以让blast处理后缀和附件文件。例如

rule makeblastdb:
    input:
        reference = "/path/to/workdir/{sample}.fasta",
    output:
        done = touch("{sample}.makeblastdb.done"),
    shell:
        r"""
        /Tools/ncbi-blast-2.9.0+/bin/makeblastdb -in {input.reference} -out {wildcards.sample} -dbtype nucl"
        """

rule blast:
    input:
        db_done= "{sample}.makeblastdb.done",
        ...
    output:
        ...
    shell:
        r"""
        blast -db {wildcards.sample} ...
        """

snakemake的MissingOutputException和延迟等待错误

2 个答案: