Question

我正在尝试将数据框中的列从Characteristics..genotype.重命名为genotype，并从Characteristics..age.重命名为age：

pData(raw_data) %>%
  rename(
    age = Characteristics..age.,
    genotype = Characteristics..genotype.
  )

我收到以下错误：

重命名错误（。，age = Characteristics..age。，genotype = Characteristics..genotype。）：对象'Characteristics..age。'找不到

这没有意义，因为数据框中存在列：

pData(raw_data)$Characteristics..genotype.

以上内容的输出

[1] N171-HD82Q N171-HD82Q N171-HD82Q wt wt wt N171-HD82Q N171-HD82Q N171-HD82Q wt wt
  [12] wt N171-HD82Q N171-HD82Q N171-HD82Q wt wt wt
  含量：N171-HD82Q wt

我想念什么？

Answer 1

一个选项将是反引号

library(dplyr)
 pData(raw_data) %>%
  rename(
    age = `Characteristics..age.`,
   genotype = `Characteristics..genotype.`
  )

或者根据错误（与plyr::rename一起复制），最好使用::指定要从中加载的包以避免掩盖

pData(raw_data) %>%
  dplyr::rename(
    age = Characteristics..age.,
   genotype = Characteristics..genotype.
  )

但是，在dplyr_0.8.3上进行测试时，它运行良好，并且没有反引号

data(mtcars)
raw_data <- head(mtcars)
names(raw_data)[1] <- "Characteristics..genotype."
raw_data %>%
      dplyr::rename(genotype = Characteristics..genotype.)
#             genotype cyl disp  hp drat    wt  qsec vs am gear carb
# ...

问题在于plyr还包含相同的rename函数，因此，如果还加载了程序包，它可能会掩盖dplyr::rename

raw_data %>% 
    plyr::rename(genotype = Characteristics..genotype.)

plyr :: rename（。，genotype = Characteristics..genotype。）错误：
未使用的参数（基因型=特征..基因型。）

Answer 2

您可以使用rename_all并使用函数进行重命名，例如使用stringr::str_remove_all删除开头的"Characteristics.."或结尾的"."的所有实例（用\\进行转义的时段）。

library(tidyverse) # dplyr and stringr
df %>% 
  rename_all(str_remove_all, '^Characteristics\\.\\.|\\.$')

无法使用dplyr重命名列

2 个答案: