python-如何在匹配两个字符串时获取字符串匹配位置

时间:2019-11-26 12:38:46

标签: python string sequence bioinformatics matching

我想得到两个字符串的匹配位置,如下例所示:

sequence = "MTGLKILYH"
alignment = "GPKI---LYH"
pos = get_alignment_position(sequence,alignment)
print(pos)
[-2,-1,0,1,2,3,7,8,9]

您可能会看到,两个字符串可能有所不同(GL而不是GP),但是我仍然要保留此字符串,字符串的开头也可以不同因此索引应基于alignment

我已经有一个基于difflib包的几乎工作算法,但是我想知道是否已经存在一种方法? 我有很多不正常的案例,但它无法正常工作,我必须处理所有这些“特殊案例”,并且可能需要进行大量的尝试...因此,如果Magick软件包已经存在...我可以接受= D

谢谢您的帮助!

0 个答案:

没有答案