将文件的内容传递给jar文件的参数

时间:2019-11-21 16:12:56

标签: shell jar

我必须从linux命令行运行jar文件,但无法访问其代码。 参数-pep之一是字符串。 我可以将文件内容传递给-pep参数吗?

java -jar pepquery-1.3.jar -pep NAEQYKDQADK -ms ../../Documents/Roucou/proteogenomic/Exp1_786O_nox_scr.mgf -db ../../Documents/example.fasta -c 1 -cpu 12 -t 1 -itol 0.02 -maxCharge 2 -tol 5 -o ../../Documents -m 1

不是希望将字符串NAEQYKDQADK传递给-pep,而是希望它从仅包含该字符串的文本文件中读取它。 它的路径是/home/mariano/Documents/peptide.txt。 像这样:

java -jar pepquery-1.3.jar -pep /home/mariano/Documents/peptide.txt -ms ../../Documents/Roucou/proteogenomic/Exp1_786O_nox_scr.mgf -db ../../Documents/example.fasta -c 1 -cpu 12 -t 1 -itol 0.02 -maxCharge 2 -tol 5 -o ../../Documents -m 1

显然不起作用。

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