在BASH中的变量中循环遍历由*定义的文件

Question

我希望能够使用一个脚本来指定包含fastq文件的目录，该脚本将循环遍历所有文件并执行某些操作。这是我的尝试：

threads=24
current_path=`pwd`
input_file=${current_path}/raw/

files=${current_path}/raw/*

for file in ${files}; do 

    output_file=${current_path}/${file}_out/
    mkdir -m gu=wrx,o=rx ${output_file}

    spades.py \
    --s1 ${input_file}${file} \
    -t ${threads} \
    --plasmid \
    --careful \
    -o ${output_file}

done

因此，在此脚本中，我得到一个错误：cannot make directory, directory does not exist该脚本生成一个/home文件夹。我不知道我是错误地指定了文件还是在错误地使用了for循环。

谢谢！

Answer 1

您将文件的完整路径连接到一行中的文件夹

output_file=${current_path}/${file}_out/

应该是

output_file=${file}_out/