Question

如何用DNA字母替换数字基因型代码？我有一个修改后的vcf文件，如下所示：

Option Explicit Sub LookUpExcel() Dim objExcel As New Excel.Application Dim exWb As Excel.Workbook Dim ExcelFileName As String Dim ColumnA As String Dim ColumnB As String Dim oMsg As MailItem ExcelFileName = "C:\Users\vfdme\Desktop\test.xlsx" Set exWb = objExcel.Workbooks.Open(ExcelFileName) ColumnA = InputBox("Please Column A value.") '[VLOOKUP / Search function?] MsgBox (ColumnB) ExitRoutine: Set oMsg = Nothing Set exWb = Nothing Set objExcel = Nothing End Sub

我想用引用字母替换0/0，用替换字母替换1/1，并删除其后的所有字符串。它应该看起来像这样：

POS REF ALT A2.bam C10.bam 448 T C 0/0:0,255,255 0/0:0,255,255 2402 C T 1/1:209,23,0 xxx:255,0,255 n...

试图用sed来做，但是没用不知道如何解决

Answer 1

请您尝试：

awk '{
    if (NR > 1) {
        for (i=4; i<=5; i++) {
            split($i, a, ":")
            $i = a[1]
            if ($i == "0/0") $i = $2
            if ($i == "1/1") $i = $3
        }
    }
    print
}' file.txt

输出：

POS  REF ALT     A2.bam C10.bam
448 T C T T
2402 C T T xxx
n...

for循环处理第4列和第5列（A2.bam和C10.bam）。
首先将“：”后的子字符串切掉。
如果剩余值等于“ 0/0”，则将其替换为第二列（REF）。
对于“ 1/1”，请使用第三列（ALT）。

希望这会有所帮助。

用DNA字母替换数字基因型代码

1 个答案: