Question

我正在RStudio中运行Seurat V3，并尝试在新子集的对象上运行PCA。作为该过程的一部分，我正在使用以下命令：

 tnk.cells <- FindVariableFeatures(tnk.cells, assay = "RNA", selection.method = "vst", nfeatures = 2000)
 tnk.cells <- RunPCA(tnk.cells, verbose = TRUE, npcs = 30, features = FindVariableFeatures(tnk.cells))

第一个过程似乎有效，但是我不确定是否确实如此，如果可以，我是否需要在第二个命令中指定“功能”应引用这些功能。无论哪种方式，每次我尝试运行第二个命令时，它都会产生此错误以及三个警告消息：

 Error in match(x, table, nomatch = 0L) : 
   'match' requires vector arguments
 In addition: Warning messages:
 1: In FindVariableFeatures.Assay(object = assay.data, selection.method = selection.method,  :
   selection.method set to 'vst' but count slot is empty; will use data slot instead
 2: In eval(predvars, data, env) : NaNs produced
 3: In hvf.info$variance.expected[not.const] <- 10^fit$fitted :
    number of items to replace is not a multiple of replacement length

有人知道为什么会产生这些错误/警告吗？我试图将“ FindVariableFeatures”的输出强制为矢量和数据帧，但无济于事。我还想问一问：从较大的数据集中替换一个新数据集后，是否需要重新运行FindVariableFeatures？

Answer 1

变量特征已经存储在Seurat对象中。您可以使用VariableFeatures()来访问它们，例如：

library(Seurat)
pbmc_small =SCTransform(pbmc_small)
pbmc_small = FindVariableFeatures(pbmc_small,nfeatures=20)
head(VariableFeatures(pbmc_small))
[1] "GNLY"   "PPBP"   "PF4"    "S100A8" "VDAC3"  "CD1C"

然后您可以像这样运行它，尽管默认情况下，它将使用存储在对象中的变量功能：

pbmc_small <- RunPCA(pbmc_small,features = VariableFeatures(pbmc_small))

Seurat中的FindVariableFeatures函数产生“ match（x，table，nomatch = 0L）中的错误：'match'需要向量参数”

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