r:sym()函数失败[无法将字符串转换为符号]

时间:2019-11-16 18:28:24

标签: r missing-data imputation r-mice

我有一个包含10多个分类变量和大约20个数字变量的数据集。我正在尝试编辑Stef van Buuren的github上的mice.impute.logreg函数来调用glm.fit(),但要使用更高的maxit值来达到收敛。但是,按原样运行代码时,出现以下错误:

Error: Only strings can be converted to symbols

它来自代码中的这一行:

 rv <- t(chol(sym(fit.sum$cov.unscaled)))

我继续打印fit.sum$cov.unscaled的内容,并得到了一个巨大的协方差矩阵(?),其中包含所有变量(分类变量有点是单编码的(?)),类似这样,但是更大:

              Proteinuria22 Proteinuria23 Proteinuria24 Proteinuria25      Aetiol22      Aetiol23      Aetiol24
              -0.0775687218  6.603074e-02  6.995692e-01 -1.0462947407 -1.990400e-01 -3.756997e+01 -6.198267e-01
Weight2       -0.0003022753  6.802872e-04 -1.138967e-03 -0.0043737786  2.550278e-04  3.380858e-02  6.343819e-04
Height2        0.0174235854 -8.945169e-02 -2.588742e-01  0.2947104430 -1.763788e-01  2.027542e+00 -3.676413e-02
BMI22          0.0038176385 -2.246294e-02  3.529623e-02  0.0507158023 -1.959203e-03  1.515110e+00  3.618223e-02
BMI23          0.0463573025  4.600740e-02  1.210799e-01  0.1009359117  6.368376e-03  7.268413e-01 -4.677462e-03
BMI24          0.0230542190  4.822956e-02  1.424563e-01  0.2136974371 -7.688207e-02 -4.099045e+00 -4.920604e-02
Proteinuria21  0.2564365948  2.399999e-01  2.869407e-01  0.2866854741 -3.345524e-02  7.021764e+00 -1.380307e-02
Proteinuria22  0.5114421153  2.658057e-01  2.444392e-01  0.2575295706 -5.555202e-02  2.132465e+00 -2.367527e-02
Proteinuria23  0.2658056994  8.278569e-01  2.805812e-01  0.1743841777 -5.433797e-02 -5.289189e+00 -1.905688e-02
Proteinuria24  0.2444391680  2.805812e-01  5.436426e-01  0.2272864202 -4.551615e-02  2.533664e+00 -1.962130e-02
Proteinuria25  0.2575295706  1.743842e-01  2.272864e-01  1.1656567100 -7.355628e-02  9.412580e+00 -1.330318e-01
Aetiol22      -0.0555520221 -5.433797e-02 -4.551615e-02 -0.0735562813  4.327236e-01  4.698377e+00  1.196196e-01
Aetiol23       2.1324651321 -5.289189e+00  2.533664e+00  9.4125804535  4.698377e+00  1.175992e+04  2.984111e+00

由于我还不太了解r,所以我真的不知道这意味着什么...我知道sym()用于将字符串转换为符号,但是我不知道不知道如何(或为什么)将如此巨大的矩阵转换为符号。有什么想法吗?

1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

由于使用了@arun注释中的指针,因此我发现,由于使用了周围的sym() function,我只需要删除chol函数:

  

计算实对称正定方阵的Choleski分解。

我还没有弄清楚为什么代码编写者首先将sym()函数放在这里,因为代码显然与它中断了,但是没有它就可以正常工作。