Question

我有以下文件min.conf，如下所示。我需要将路径目录更改为文件中的当前目录。

输入文件（min.conf）

#!/bin/bash
#
#SBATCH  --workdir=/work/LAS/input

myNAMD2=$(which namd2)
myWork=/work/LAS/input

我有以下代码：

#!/bin/bash

filename="min.conf"

#While loop to read line by line
while IFS= read -r line; do
    #If the line starts with ST then set var to yes.
    if [[ $line == '#SBATCH  --workdir='* ]] || [[ $line == 'myWork='* ]] ; then

    fi
done < "$filename"

所需的输出量（最低配置）：

#!/bin/bash
#
#SBATCH  --workdir=/work/input23

myNAMD2=$(which namd2)
myWork=/work/input23

Answer 1

能否请您尝试以下。这里要注意的一点是PWD是一个shell变量，然后通过将其分配给awk变量将其传递给awk。

PWD=`pwd`
awk -v pwd="$PWD" '
/mywork/{
  sub(/=.*/,"=" pwd)
}
/SBATCH/{
  sub(/workdir=.*/,"workdir=" pwd)
}
1
' Input_file

如果要将输出保存到Input_file本身，请附加> temp && mv temp Input_file

Answer 2

sed 可以做一些您想做的事情：

sed -E '/^(a|b)/s:c:d:g'

/^(a|b)/：适用于以a或b开头的所有行。
s:c:d:g：将所有c替换为d。

因此，关于将路径更改为当前路径：

sed -E '/^(#SBATCH --workdir=|myWork=)/s:=\/.*\/:='$PWD'\/:'

/^(#SBATCH --workdir=|myWork=)/：适用于所有以#SB..开头的行
s:=\/.*\/:=\/'$PWD'\/:：用当前工作目录替换目录名称
$PWD：在bash中，它是您当前的工作目录； $(pwd)也一样

最后，如果要 sed ，请编辑您的 min.conf 文件：

sed -i~ -E '/^(#SBATCH --workdir=|myWork=)/s:=\/.*\/:='$PWD'\/:' min.conf

sed -i~：编辑文件并进行备份

将文件的一部分替换为当前目录的路径

2 个答案: