在3D RStudio中绘制曲线的连续序列（例如浓度，时间）

Question

我正在一台机器上运行样本，我的输出是无单位系数y与速度x的关系图。我改变了给定化合物的浓度，以发现曲线如何根据浓度z而变化。是否有一个软件包可以绘制以这种方式设置的3d图形数据（即序列）？

我发现rstudio中3d绘图的常用软件包（点阵，scatterplot3d，rgl等）似乎仅在变量大小相等的向量（即每个点是一个样本）时才起作用：

我的数据看起来更像这样，其中每个“切片”在z轴上可以表示一个样本：

我可以使用曲面图在Excel中相当轻松地将其绘制出来，但是其中的图既肮脏，丑陋又不灵活。

我想要的图表的最佳示例是：

  

     

来源：https://www.nytimes.com/interactive/2015/03/19/upshot/3d-yield-curve-economic-growth.html?ref=economy&abt=0002&abg=0

以下是我的数据示例。第一列包含x值（速度），第一列包含z值（浓度），其他所有内容均为y值（任意无单位系数）。因此，第一个单元格（0）不是数据的一部分。

structure(list(...1 = c(0, 1.17721e-08, 1.48056166666667e-08, 
1.86639666666667e-08, 2.35371333333333e-08, 2.96521333333333e-08
), ...2 = c(0.3, 0.000326036, 0.000789132, 0.00132642, 0.00196508, 
0.00272198), ...3 = c(3, 0.00038811, 0.000915256, 0.00152748, 
0.00224812, 0.00311174), ...4 = c(6, 0.000289036, 0.000692406, 
0.00115582, 0.00169984, 0.00234574), ...5 = c(15, 0.000266082, 
0.000647076, 0.00109054, 0.00161336, 0.00224112), ...6 = c(30, 
0.000361498, 0.000818448, 0.00134682, 0.00196732, 0.00271138), 
...7 = c(100, 0.000296934, 0.000714832, 0.0012111, 0.0018063, 
0.0025273)), row.names = c(NA, -6L), class = c("tbl_df", 
"tbl", "data.frame"))

我将'dput（）'存储为'example.data'，并运行以下命令以获得此错误消息：

#Store x and y as vectors, z as matrix 
> x <- c(example.data[-1,1])
> y <- c(example.data[1,-1])
> z <- as.matrix(example.data[-1,-1], nrow = 5, ncol = 6)
> persp3d(x, z, y)
Error in rgl.surface(x = NULL, y = list(...2 = 0.3, ...3 = 3, ...4 = 6,  : 
'y' length != 'x' rows * 'z' cols

我在这里做错了什么？ x和y分别具有与矩阵z相同的行数和列数

Answer 1

使用示例数据：

dat <- structure(list(...1 = c(0, 1.17721e-08, 1.48056166666667e-08, 
1.86639666666667e-08, 2.35371333333333e-08, 2.96521333333333e-08
), ...2 = c(0.3, 0.000326036, 0.000789132, 0.00132642, 0.00196508, 
0.00272198), ...3 = c(3, 0.00038811, 0.000915256, 0.00152748, 
0.00224812, 0.00311174), ...4 = c(6, 0.000289036, 0.000692406, 
0.00115582, 0.00169984, 0.00234574), ...5 = c(15, 0.000266082, 
0.000647076, 0.00109054, 0.00161336, 0.00224112), ...6 = c(30, 
0.000361498, 0.000818448, 0.00134682, 0.00196732, 0.00271138), 
...7 = c(100, 0.000296934, 0.000714832, 0.0012111, 0.0018063, 
0.0025273)), row.names = c(NA, -6L), class = c("tbl_df", 
"tbl", "data.frame"))

通常最好将数据保留为matrix，并为此将x，y和z分开。您的初始子集本来可以工作，除了tibble故意使它像frame一样，而不是“正常” data.frame的单列/行子集及其对{ {3}}以避免类转换。

x <- dat[-1,1][[1]]
y <- as.numeric(dat[1,-1])
z <- as.matrix(dat[-1,-1])
rgl::persp3d(x,y,z)

dat[...,drop=FALSE]

您还可以先转换为matrix ，这样您在这里就不会受到tibble的保护。

dat <- as.matrix(dat)
x <- dat[-1,1]
y <- dat[1,-1]
z <- dat[-1,-1]