将Numpy数组传递给C函数以进行输入和输出

时间:2011-05-02 21:55:51

标签: python numpy ctypes ffi

哦,我的话我是个傻瓜。 在调用函数时,我只是省略了第二个和第三个参数。 像一个傻瓜。 因为那就是我。 原来愚蠢的问题如下:

这似乎是一件很常见的事情,但是我找不到相关的教程,而且我对Numpyctypes一无所知我自己搞清楚了。

我在文件ctest.c中有一个C函数。

#include <stdio.h>

void cfun(const void * indatav, int rowcount, int colcount, void * outdatav) {
    //void cfun(const double * indata, int rowcount, int colcount, double * outdata) {
    const double * indata = (double *) indatav;
    double * outdata = (double *) outdatav;
    int i;
    puts("Here we go!");
    for (i = 0; i < rowcount * colcount; ++i) {
        outdata[i] = indata[i] * 2;
    }
    puts("Done!");
}

(正如你可能猜到的那样,我最初的论点是double *而不是void *,但是无法弄清楚在Python方面该怎么做。我当然喜欢把它们改回来,但我是只要它有效就不挑剔。)

我从中创建了一个共享库。     gcc -fPIC -shared -o ctest.so ctest.c

然后在Python中,我有几个numpy数组,我想将它们传递给C函数,一个作为输入,一个作为输出。

indata = numpy.ones((5,6), dtype=numpy.double)
outdata = numpy.zeros((5,6), dtype=numpy.double)
lib = ctypes.cdll.LoadLibrary('./ctest.so')
fun = lib.cfun
# Here comes the fool part.
fun(ctypes.c_void_p(indata.ctypes.data), ctypes.c_void_p(outdata.ctypes.data))

print 'indata: %s' % indata
print 'outdata: %s' % outdata

这不会报告任何错误,但会打印出来

>>> Here we go!
Done!
indata: [[ 1.  1.  1.  1.  1.  1.]
 [ 1.  1.  1.  1.  1.  1.]
 [ 1.  1.  1.  1.  1.  1.]
 [ 1.  1.  1.  1.  1.  1.]
 [ 1.  1.  1.  1.  1.  1.]]
outdata: [[ 0.  0.  0.  0.  0.  0.]
 [ 0.  0.  0.  0.  0.  0.]
 [ 0.  0.  0.  0.  0.  0.]
 [ 0.  0.  0.  0.  0.  0.]
 [ 0.  0.  0.  0.  0.  0.]]

不修改outdata数组。事实上,如果我再次调用该函数,我会得到一个段错误。这并不让我感到惊讶 - 我真的不知道我在这里做什么。有人能指出我正确的方向吗?

2 个答案:

答案 0 :(得分:71)

虽然不是您原始问题的直接答案,但这是一种更方便的方式来调用您的功能。首先,完全按照在纯C中的方式制作C函数的原型。由于您不需要单独rowcountcolcount,我会将它们合并为一个{{1}参数:

size

现在按以下方式定义ctypes原型:

void cfun(const double *indatav, size_t size, double *outdatav) 
{
    size_t i;
    for (i = 0; i < size; ++i)
        outdatav[i] = indatav[i] * 2.0;
}

现在,调用您的函数非常方便:

import ctypes
from numpy.ctypeslib import ndpointer
lib = ctypes.cdll.LoadLibrary("./ctest.so")
fun = lib.cfun
fun.restype = None
fun.argtypes = [ndpointer(ctypes.c_double, flags="C_CONTIGUOUS"),
                ctypes.c_size_t,
                ndpointer(ctypes.c_double, flags="C_CONTIGUOUS")]

您还可以定义一个包装器,以使其更加方便:

indata = numpy.ones((5,6))
outdata = numpy.empty((5,6))
fun(indata, indata.size, outdata)

答案 1 :(得分:16)

将所有四个参数传递给C函数。从以下位置更改Python代码:

fun(ctypes.c_void_p(indata.ctypes.data), ctypes.c_void_p(outdata.ctypes.data))

要:

fun(ctypes.c_void_p(indata.ctypes.data), ctypes.c_int(5), ctypes.c_int(6),
    ctypes.c_void_p(outdata.ctypes.data))