使pheatmap提供与aheatmap相同的输出

Question

我试图按与pheatmap相同的顺序制作aheatmap集群列。

我研究了这两个函数，创建了一个小的示例集，使用了相同的聚类函数，但是它们都给出了不同的答案。

set.seed( 1234 )
testm <- replicate(10, rnorm(20))

pt <- pheatmap( testm, clustering_distance_rows = "correlation", clustering_distance_cols = "correlation" )
at <- aheatmap( testm, Colv = "correlation", Rowv = "correlation", hclustfun = "complete" )

看时

pt$tree_col$order vs at$colInd

我们看到它们产生了不同的群集顺序。功能上有什么区别？如何使pheatmap得到与aheatmap相同的聚类输出？

我们可以通过对heatmaps的简单视觉检查来观察不同的顺序。