Question

对于Linux来说相对较新，并且尝试使用我的研究程序（Athena ++-https://github.com/PrincetonUniversity/athena-public-version/wiki-，是一个磁流体动力学代码）。

我已经按照那里的教程进行了，并且可以运行更简单的模拟，但是对于需要mpi或hdf5的任何内容，我遇到了一个问题，它说致命错误：hdf5.h：没有这样的文件或目录

[sferrel6@phys44222 athena]$ make
g++  -O3 -std=c++11 -c src/main.cpp -o obj/main.o
In file included from src/main.cpp:43:0:
src/outputs/outputs.hpp:22:18: fatal error: hdf5.h: No such file or directory
 #include <hdf5.h>
                  ^
compilation terminated.
make: *** [obj/main.o] Error 1

类似地，对于mpi.h，fftw3.h和（尝试使用Visit时）libGlu.so.1我也遇到相同的问题

这些文件确实存在，尽管我不知道如何让程序查看它们。

$ find -iname "hdf5.h"
~/local/anaconda2/pkgs/hdf5-1.10.4-nompi_h3c11f04_1106/include/hdf5.h
~/local/anaconda2/pkgs/hdf5-1.10.4-hb1b8bf9_0/include/hdf5.h
~/local/anaconda2/include/hdf5.h

$ find -iname "mpi.h"
~/local/anaconda2/pkgs/openmpi-4.0.1-hc99cbb1_2/include/mpi.h
~/local/anaconda2/include/mpi.h

find -iname "libGLU.so.1"
~/local/anaconda2/lib/libGLU.so.1
~/local/anaconda2/pkgs/libglu-9.0.0-hf484d3e_1/lib/libGLU.so.1

我尝试更新.bash_profile中的路径（我在RHEL7上）以包括这些路径，但无济于事-仍然是相同的错误。我也尝试使用导出CPATH='~/local/anaconda2/include'，但这并没有帮助。

请注意，我正在大学机器上工作，这意味着我不能使用sudo（为什么一切都通过anaconda进行）。另外，这意味着我的目录结构有点不合常规。

〜是nethome / myname，并且空间非常有限，所以我所有的工作都在/ localdata / myname上，这是通过〜/ local上的符号链接到达的

我还尝试将那些特定文件复制到我的Athena目录（〜/ local / athena，我从中运行athena Makefile），希望它能够找到它们并且我可以更好地诊断问题。那里也没有运气。

Answer 1

能够通过使用cpp -v测试编译器的搜索路径来解决此问题，该路径确定我的搜索路径不在寻找能够找到那些各种.h文件的位置。我使用

更新了

export CPATH='/nethome/myname/local/anaconda2/include:/nethome/myname/local/anaconda2/lib'

我敢肯定，有更好的方法可以做到这一点（因为我已经看到过在各种谷歌搜索中不要使用CPATH的警告），但是如果您遇到这个问题，至少它是我发现对我有用的方法

找不到存在的文件（hdf5，h，mpi.h，fftw3.h，libGLU.so.1）-Athena ++和访问所需的文件

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