Question

由于Rcpp库，我正在尝试开发一个使用Arrayfire的R包。我已经开始编写示例代码（将其命名为 hello_world.cpp ），如下所示：

#include <arrayfire.h>

// [[Rcpp::export]]
bool test_array_fire(){
    af::randu(1, 4);    
    return true;
}

然后，我尝试使用sourceCpp函数

对其进行编译

Rcpp::sourceCpp('src/hello_world.cpp')

我的第一个惊喜是必须手动设置一些标志（sourceCpp在编译一段C ++代码时似乎忽略了 Makevars 配置）。我这样做的是：

Sys.setenv("PKG_CXXFLAGS"="-std=c++11")
Sys.setenv("PKG_CPPFLAGS"="-I/opt/arrayfire/include/")
Sys.setenv("PKG_LIBS"="-L/opt/arrayfire/lib64/ -laf")

但是，代码仍然无法正确编译。每个试验以以下输出结束：

Error in 'dyn.load("/tmp/RtmpHaODIU/sourceCpp-x86_64-pc-linux-gnu-1.0.2/sourcecpp_689c5adb8d/sourceCpp_14.so")':
unable to load shared object '/tmp/RtmpHaODIU/sourceCpp-x86_64-pc-linux-gnu-1.0.2/sourcecpp_689c5adb8d/sourceCpp_14.so':
  libaf.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory

不幸的是，我找不到解决问题的方法（即使某些堆栈溢出问题引起的问题乍一看也差不多）。

我该如何解决？

Answer 1

当R尝试加载共享对象文件时，该错误会在处理过程中很晚才发生。这意味着在您设置的环境变量的帮助下，编译和链接可以正常工作。但是在最后一步，运行时链接程序不知道libaf.so.3的位置。这是通常在OS级别执行的一种配置。在我的系统上

ralf@barra:~$ /sbin/ldconfig -p | grep libaf
        libafopencl.so.3 (libc6,x86-64) => /lib/libafopencl.so.3
        libafopencl.so (libc6,x86-64) => /lib/libafopencl.so
        libafcpu.so.3 (libc6,x86-64) => /lib/libafcpu.so.3
        libafcpu.so (libc6,x86-64) => /lib/libafcpu.so
        libaf.so.3 (libc6,x86-64) => /lib/libaf.so.3
        libaf.so (libc6,x86-64) => /lib/libaf.so

如果我尝试您的示例，则与libaf链接的共享对象文件不会出现问题：

ralf@barra:~$ ldd /tmp/RtmpcjY9dN/sourceCpp-x86_64-pc-linux-gnu-1.0.2/sourcecpp_13d33790279c/sourceCpp_7.so | grep libaf
        libaf.so.3 => /lib/libaf.so.3 (0x00007f21037ed000)

我希望您的情况下，第一个命令不会提供任何结果，第二个（调整后的）命令会导致“找不到文件”（？）错误。

有几种方法可以告诉运行时链接程序有关库的位置：

编辑/etc/ld.so.conf或（更好）将文件放置在/etc.ld.so.conf.d/中，请参见http://arrayfire.org/docs/installing.htm#Linux。
设置LD_LIBRARY_PATH。
将-Wl,-rpath,/opt/arrayfire/lib64/添加到PKG_LIBS
将ArrayFire安装到链接器默认搜索的目录中。自从我从源代码编译并使用resulting DEB packages以来，我就是这样做的。

对于Rcpp::sourceCpp不遵守Makevars文件的问题：问题是您编写的C ++文件不能直接使用。而是Rcpp属性必须创建其他包装函数，这是在临时目录中完成的。现在，原则上也可以将Makevars文件复制到该目录中。但是，通常使用Rcpp::plugins和Rcpp::depends属性来设置此类变量。例如，使用// [[Rcpp::plugins(cpp11)]]完成打开C ++ 11的操作。对于其他变量，您可以编写自己的插件，也可以编写由我的RcppArrayFire提供的插件。

但是，如果您的目标是，我建议您从一个包装开始。 Rcpp::sourceCpp在很多方面都很有用，但是在没有R软件包帮助的情况下与系统安装的库进行接口并不是其中之一。

Answer 2

一些事情，很快：

使用sourceCpp()时不使用包裹
随机删除与软件包一起使用的变量没有帮助
实际上，是 Ralf whi的包裹可能会响起
我们有一篇有关here at the Rcpp Gallery

因此，我可能首先从Rcpp Gallery article about RcppArrayFire重做/重建示例。

RCPP：无法打开共享对象文件

2 个答案: