Question

我需要从我使用rstpm2-package（stata中stpm2模块的转换）构建的通用生存模型（GSM）中提取基线危害。

使用rstpm2-包中的数据作为示例：

library(rstpm2)

gsm <- stpm2(Surv(rectime,censrec==1)~hormon, data=brcancer, df=3)

sum.gsm <- summary(gsm)

所以我注意到摘要中有一个名为bazar的元素：

sum.gsm@args$bhazard

但是，它似乎充满了零，并且每位患者拥有一个值。据我了解，基线危害应该由数据中每个时间点构成一个危害。

任何人都可以提供帮助的经验

Answer 1

您可以使用plot和lines方法来绘制生存率和许多其他预测。例如：

plot(gsm, newdata=data.frame(hormon=0))

Plot

请注意，您需要指定newdata参数。对于更一般的图，您可以使用以下时间获得grid与full的协方差与标准误差的预测：

out <- predict(gsm,newdata=data.frame(hormon=0:1), grid=TRUE, 
               full=TRUE, se.fit=TRUE)

然后，您可以使用ggplot2或lattice绘制间隔。例如，

library(ggplot2)
ggplot(out, aes(x=rectime, y=Estimate, ymin=lower, ymax=upper, 
                fill=factor(hormon))) +
    geom_ribbon(alpha=0.6) + geom_line()

Plot

编辑：要预测特定时间的生存率，可以在newdata参数中包含时间：

predict(gsm, newdata=data.frame(hormon=0,rectime=1:365))

（请注意，生存期是根据对数（时间）来定义的，因此我排除了rectime=0。）

从stpm2-object提取基准危害

1 个答案: