Question

所以，我们开始。我有几个节点的网络。每个节点可能属于不同的组（请参阅下面的想法）。

这是一个带有边缘列表的玩具示例：

"from","to"
"RB1","CDK2"
"CDK2","CDKN1B"
"RB1","CDK4"
"PDPK1","RPS6KB1"
"PDPK1","PKN2"
"CDKN1B","CDK4"
"PKN2","CDK4"

和只有一组的节点表（ stat 列）：

name,stat
RB1,mixed
CDK2,up
CDKN1B,up
CDK4,up
PDPK1,up
RPS6KB1,up
PKN2,down

，然后是生成具有属性 stat 的网络的代码，该属性当前用于根据用户选择的 stat 为节点着色。

library(tidyverse)
library(igraph)
library(visNetwork)

edgelist  <- read.csv("edges_mod.csv")
nodes <- read.csv("nodes_mod.csv")

g <- graph_from_data_frame(edgelist,directed=F,vertices=nodes)

V(g)$color  <- ifelse(V(g)$stat == "up", "red",ifelse(V(g)$stat == "down","blue","yellow"))

data <- toVisNetworkData(g)


visNetwork(nodes=data$nodes, edges=data$edges, width="100%") %>%
    visEdges(color="black") %>%
    visIgraphLayout(layout="layout_with_kk") %>%
    visOptions(selectedBy= "stat")

这里的问题是：如果一个节点可能属于几个 stats ，该怎么办？我在这里看到两个主要选项：

我可以创建与上述相同的数据框，但具有多个 stat 列，并根据选定的列对节点进行颜色编码。我在考虑[0-1]列，其中属于该 set 的节点被标记为1，并且在网络中将被着色（或点亮），而不属于该节点的节点设置设置为0（并且将为OFF）。

name,statZero,statOne,statTwo
RB1,1,1,0
CDK2,1,1,0
CDKN1B,1,0,0
CDK4,1,1,0
PDPK1,1,1,1
RPS6KB1,0,0,0
PKN2,1,0,0

或者，我可以使用 stat 列创建与上面相同的数据框，其中包含 sets 的列表，但我真的不知道它是如何工作的

关于如何对属于不同集的节点进行颜色编码的想法？我如何处理此选项visOptions(selectedBy= "stat")？

编辑：

我知道visOption对于selectedBy有几种可能性。我正在尝试弄清楚它如何满足我的需求！

Answer 1

请查看visOptions，参数selectedBy并设置multiple=TRUE。

所以我在您的节点上添加了另一个属性作为集群

让节点为：

name,stat,cluster
RB1,mixed,alpha
CDK2,up,alpha
CDKN1B,up,alpha
CDK4,up,beta
PDPK1,up,beta
RPS6KB1,up,beta
PKN2,down,alpha

和定义的边缘

然后：

library(tidyverse)
library(igraph)
library(visNetwork)

edgelist  <- read.csv("edge.csv")
nodes <- read.csv("node.csv")

g <- graph_from_data_frame(edgelist,directed=F,vertices=nodes)

V(g)$color  <- ifelse(V(g)$stat == "up", "red",ifelse(V(g)$stat == "down","blue","yellow"))
V(g)$groups <- paste(V(g)$stat, V(g)$cluster, sep=",")

data <- toVisNetworkData(g)


visNetwork(nodes=data$nodes, edges=data$edges, width="100%") %>%
    visEdges(color="black") %>%
    visIgraphLayout(layout="layout_with_kk") %>%
    visOptions(selectedBy= list(variable="groups",multiple=T))

这应该重现您想要实现的目标！

如何根据节点所属的组为节点动态着色？

1 个答案: