Question

我正在使用一个特殊的利基函数，该函数要求将要分析的列的变量名写为对象名。我想在多个列上循环使用此函数，但是我不知道如何将列名解析为对象名才能使该函数正常工作。

这里是一个例子：

library(caper)
library(ape)

tree = rtree(100)
data = data.frame(taxa = tree$tip.label, 
                  value1 = sample(c(0,1), 100, replace = TRUE),
                  value2 = sample(c(0,1), 100, replace = TRUE))

for(i in 2:3){
  phylo.d(data = data, phy = tree, 
          names.col = taxa,
          binvar = eval(substitute(colnames(data)[i]))
          )  
}

我遇到的问题是binvar参数。我目前在那里的代码无法正常工作，但这是我的最佳猜测。这应该返回错误：

Error in phylo.d(data = data, phy = tree, names.col = taxa, binvar = eval(substitute(colnames(data)[i]))) : 'eval(substitute(colnames(data)[i]))' is not a variable in data.

从names.col上方的参数中可以看到函数如何期望输入列名（如对象名）。然后，该函数使用deparse(substitute(binvar))从数据框中提取列。

有人可以提出解决方案吗？（除了重写功能）。

Answer 1

我的方法是在传递给evaluate之前为ENTIRE函数调用构建一个字符串。在这种情况下，循环的迭代将产生：

str="phylo.d(data=data,phy=tree,names.col=taxa,binvar=value1)"
str="phylo.d(data=data,phy=tree,names.col=taxa,binvar=value2)"

然后使用print(eval(str2expression(str)))进行评估。我使用print是因为phylo.d似乎会产生不可见的输出。

如果您想将调用的输出保存到phylo.d，则在上面的字符串中建立一个赋值，并删除print语句。

如果您对rlang软件包和准引号感到满意，则可以构建更整洁的解决方案。

这是我的完整解决方案：

build.expr=function(i) {
   paste("phylo.d(data=data,phy=tree,names.col=taxa,binvar=",
     colnames(data) [i],")",sep='')
}

for (i in 2:3) {
    print( eval(str2expression(build.expr(i))))
}

仅供参考：这是自您询问以来我的sessionInfo。

> sessionInfo()
R version 3.6.1 (2019-07-05)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 19.10

Matrix products: default
BLAS:   /usr/lib/x86_64-linux-gnu/openblas/libblas.so.3
LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopenblasp-r0.3.7.so

locale:
 [1] LC_CTYPE=C.UTF-8       LC_NUMERIC=C           LC_TIME=C.UTF-8       
 [4] LC_COLLATE=C.UTF-8     LC_MONETARY=C.UTF-8    LC_MESSAGES=C.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=C.UTF-8       LC_NAME=C              LC_ADDRESS=C          
 [10] LC_TELEPHONE=C         LC_MEASUREMENT=C.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C   

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.6.1 tools_3.6.1

当我键入？str2expression时，它会显示一个以R为基数的软件包。

将函数应用于数据库的每一列

1 个答案: