Question

我有一个非常大的数据帧，在行中（约50.000）有SNP，在列中有ID（约500），想象提取看起来像这样：

      R015 R016 R007
cg158 0.81 0.90 0.87
cg178 0.91 0.80 0.58

现在，我要将其另存为txt，通常不会出现问题 write.table(example, "example.txt", colnames=T, rownames=T, quotes=F) 但是我需要有一个标签（\ t）作为第一列入口，所以在txt文件中，数据框看起来应该像这样：

 \t   R015 R016 R007
cg158 0.81 0.90 0.87
cg178 0.91 0.80 0.58

（用于标签的\ t）

有人可以帮我怎么做吗？顺便说一句，我也尝试过： write.table(data.frame("\t"=rownames(example),example),"example.txt", row.names=FALSE) 不幸的是，它没有用...

谢谢！

Answer 1

这种工作方式，只需将stdout()替换为输出文件的路径即可：

data <- data.frame(x = sample(1:100,3), 
                   y = sample(1:100,3), 
                   z = sample(1:100,3))
row.names(data) <- LETTERS[1:3]
lines <- c(paste(c(' ', names(data)), collapse = '\t'),
           sapply(seq_len(nrow(data)),
       function(i){
         paste(c(row.names(data)[i], data[i,]),collapse = '\t')
       }))
writeLines(lines, con = stdout())
#>      x   y   z
#> A    35  97  27
#> B    12  69  24
#> C    25  9   34

或在第一列中使用空格作为分隔符和所需的标签：

data <- data.frame(x = sample(1:100,3), 
                   y = sample(1:100,3), 
                   z = sample(1:100,3))
row.names(data) <- LETTERS[1:3]
lines <- c(paste(c('\t', names(data)), collapse = ' '),
           sapply(seq_len(nrow(data)),
       function(i){
         paste(c(row.names(data)[i], data[i,]),collapse = ' ')
       }))
writeLines(lines, con = stdout())
#>   x y z
#> A 3 30 11
#> B 62 69 70
#> C 93 55 73

Answer 2

使用如下所示的数据框，其中我更改了一个行名以说明如何处理长度不等的情况：

df <- read.table(text = "R015 R016 R007
cg158 0.81 0.90 0.87
cg178kdfj 0.91 0.80 0.58")

您可以执行以下操作：

df <- format(as.matrix(df))
df <- cbind("\\t" = rownames(df), df)
df <- rbind(colnames(df), df)
df[,1] <- stringr::str_pad(df[,1], max(nchar(df[,1])), "right")
write.table(df,
            file = "example.txt",
            sep = " ",
            quote = F,
            row.names = F,
            col.names = F)

输出：

\t        R015 R016 R007
cg158     0.81 0.90 0.87
cg178kdfj 0.91 0.80 0.58

我首先将数字值转换为字符，然后format对它们进行设置，以确保它们具有相同的数字位数，否则它们将不会对齐。然后，将行名称转换为名为\\t的新变量，然后将列名称转换为新行。我使用stringr::str_pad()来解释长度不同的行名。最后，我将没有行名或列名的数据帧写入TXT文件。

R：将带有制表符的txt保存为行标题

2 个答案: