如何修复file（file，ifelse（append，“ a”，“ w”））中的错误：无法在R Notebook中打开连接

Question

我目前正在学习R Notebook，但遇到路径问题。我做了一个R项目，并将所有脚本和文件托管在一个包含R项目的文件夹中。我正在尝试跑步：

接下来，安装库：

library(tidyverse)
library(CHNOSZ)
library(janitor)

然后使用以下命令导入和合并文件：

d <-list.files(path="./merge", pattern="*.csv", full.names = TRUE) %>% 
  map_df(~read_csv(., col_types = cols(.default = "c")))

d

，结果是带有0行的小标题。另外，

write.csv(d,file="data_generated/FinalmergeAllCompounds_comb.csv")

引发错误file（file，ifelse（append，“ a”，“ w”））中的错误：无法打开连接

当我在Rstudio中的同一项目中将其作为普通脚本运行时，脚本可以正常工作。我合并.csv文件没有问题，可以毫无问题地将其导出回我的项目目录中。

RNotebook和文件路径之间似乎有冲突。我该如何解决？

Answer 1

该问题的答案是添加：

knitr::opts_knit$set(root.dir = rprojroot::find_rstudio_root_file())

根据csgroen的评论和这篇帖子Setting work directory in knitr using opts_chunk$set(root.dir = ...) doesn't work

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