Question

我想对一个lsmeans对象使用contrast（）来执行一些特定的计划比较，但是我找不到能够执行想要的比较的方法。我想比较一个因素是否在两个因素水平中的一个上有影响。例如，在下面，我想比较A，C是否不同于B，C，以及A，D是否不同于B，D。我不想比较A，C是不同于B，D还是不同于A，D等。

fac_one <- c(rep("A", 200), rep ("B", 200))
fac_two <- rep(c("C", "D"), 200)

dats <- data.frame(fac_one= c(rep("A", 200), rep ("B", 200)),
                   fac_two= rep(c("C", "D"), 200))

dats$y <- NA

dats$y[dats$fac_one=="A" & dats$fac_two=="C"] <- 
  rnorm(100, mean=0.9, sd=1)
dats$y[dats$fac_one=="B" & dats$fac_two=="C"] <- 
  rnorm(100, mean=0.9, sd=1)

dats$y[dats$fac_one=="A" & dats$fac_two=="D"] <- 
  rnorm(100, mean=0.6, sd=1)
dats$y[dats$fac_one=="B" & dats$fac_two=="D"] <- 
  rnorm(100, mean=1.4, sd=1)

mod <- lm(y ~ fac_one*fac_two, data = dats)
Anova(mod)

lsmns <- lsmeans(mod, ~fac_one*fac_two)
#currently does many contrasts that I do not want to do
contrast(lsmns)

谢谢！

Answer 1

contrast(lsmns, “pairwise”, by = “fac_two”)

在文档中

Answer 2

您可以使用|而不是*来告诉emmeans根据该因素将它们分成几组。然后，您可以使用pairs在每个组中进行成对比较。还请注意，尽管此功能在较旧的版本中也已在最新版本中从emmeans重命名为lsmeans，但包和函数均已重命名。

> library(emmeans)
> lsmns <- emmeans(mod, ~fac_one|fac_two)
> pairs(lsmns)
fac_two = C:
 contrast estimate    SE  df t.ratio p.value
 A - B      -0.044 0.142 396 -0.309  0.7574 

fac_two = D:
 contrast estimate    SE  df t.ratio p.value
 A - B      -0.974 0.142 396 -6.848  <.0001

PS。很好的可复制示例。：）

如何缩小与lsmeans的特定对比

2 个答案: