Question

我正在尝试使用特定软件（picard）的docker镜像，并且该镜像旨在以交互方式运行，实际上，已经通过Dockerhub提供了一个已构建的docker镜像：

docker pull broadinstitute/picard

此图像将在以下命令中完美运行：

sudo docker run -i -t -v $PWD:/usr/working broadinstitute/picard

这样一来，您可以在图像中启动实际程序，例如：

java -jar /usr/picard/picard.jar [COMMAND] [OPTIONS] ...

我要完成的工作是在不输入交互式外壳的情况下执行此图像，就像这样：

sudo docker run --rm -v $PWD:/usr/working broadinstitute/picard [COMMAND] [OPTIONS] ...

据我所知，可以通过在Dockerfile中创建一个ENTRYPOINT来完成此操作（请参阅下面的附录），但是在Dockerfile底部添加以下行将无效：

ENTRYPOINT ["java -jar /usr/picard/picard.jar"]

相反，当我如上所述运行图像时，不会生成任何输出，并且如果调用了特定命令（例如CreateSequenceDictionary），则会出现以下错误：

docker：来自守护程序的错误响应：OCI运行时创建失败：container_linux.go：345：启动容器进程导致“ exec：\“ CreateSequenceDictionary \”：在$ PATH中找不到可执行文件”：未知。

我想念什么？

Dockerfile

可以在github仓库中的https://github.com/broadinstitute/picard/blob/master/Dockerfile中找到dockerfile。看起来如下：

FROM openjdk:8
MAINTAINER Broad Institute DSDE <dsde-engineering@broadinstitute.org>

ARG build_command=shadowJar
ARG jar_name=picard.jar

# Install ant, git for building
RUN apt-get update && \
    apt-get --no-install-recommends install -y --force-yes \
        git \
        r-base \
        ant && \
    apt-get clean autoclean && \
    apt-get autoremove -y

# Assumes Dockerfile lives in root of the git repo. Pull source files into container
COPY / /usr/picard/
WORKDIR /usr/picard

# Build the distribution jar, clean up everything else
RUN ./gradlew ${build_command} && \
    mv build/libs/${jar_name} picard.jar && \
    ./gradlew clean && \
    rm -rf src && \
    rm -rf gradle && \
    rm -rf .git && \
    rm gradlew && \
    rm build.gradle

RUN mkdir /usr/working
WORKDIR /usr/working

Answer 1

问题在于ENTRYPOINT的定义方式。

应该是

ENTRYPOINT ["java", "-jar", "/usr/picard/picard.jar"]

src：https://docs.docker.com/v17.09/engine/reference/builder/#entrypoint

Answer 2

我刚刚了解了不需要修改原始dockerfile的其他可能替代方案，该替代方案覆盖了CLI中的默认ENTRYPOINT（即使原始映像未定义一个）。

这可以通过--entrypoint选项来完成，但是它将仅使用要在映像中执行的文件的名称。如果要使用其他参数，则必须在映像名称之后调用这些参数。例如：

docker run --entrypoint="java" $PWD:/usr/working broadinstitute/picard -jar /usr/picard/picard.jar [COMMAND] [OPTIONS]

此blog对该主题进行了更多解释。

在Dockerfile中进行编辑，以使映像不在交互式shell中运行，而是在ENTRYPOINT中运行

2 个答案: