我有一个数据集,其最低相关系数为0.83,最高相关系数为0.99。我在R中使用程序包“ corrplot”,并尝试使用“ colorRamps”程序包获得色谱。我还希望频谱的尽头从我指定的上限和下限(0.8、1)开始。我几乎到处都看过,但似乎找不到解决方法。我也无法加载我想要的配色方案。
我已经成功使用了colorRampPalette,但是我仍然无法在指定的限制范围内开始和结束色谱的开始和结束。
这是我尝试过的:
library(corrplot)
library(colorRampPalette)
library(colorRamps)
pal <- colorRamps::matlab.like2
###########Notice my cl.lim is set to 0.8-1################
corrplot(data, method = "number", type="lower", is.corr=FALSE, margin=c(0,0,0,0),col=pal, tl.col='black', cl.lim = c(0.8, 1),tl.cex=0.7, outline=TRUE, title = "9 DAT")
运行“ corrplot”代码行后,得到以下信息:
"Warning messages:
1: In text.default(pos.xlabel[, 1], pos.xlabel[, 2], newcolnames, srt = tl.srt, :
"margin" is not a graphical parameter
2: In text.default(pos.ylabel[, 1], pos.ylabel[, 2], newrownames, col = tl.col, :
"margin" is not a graphical parameter
3: In title(title, ...) : "margin" is not a graphical parameter"
我的图也不会生成。
非常感谢您的帮助。谢谢大家!
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我使用ggplot2
进行绘图。因此,让我向您展示如何实现ggplot2
中的需求。让我们首先生成一个有效的相关矩阵:
library(ggplot2)
library(tidyr)
library(ggplot2)
set.seed(123)
df <- data.frame(X1 = 1:100,
X2 = 0.75*(1:100) + rnorm(100),
X3 = 0.25*(1:100) + rnorm(100,sd = 20),
X4 = 0.5*(1:100) + rnorm(100,sd = 10))
cm <- round(cor(df), 2)
cm[lower.tri(cm)] <- NA
cm <- as.data.frame(cm) %>%
mutate(Var1 = factor(row.names(.), levels=row.names(.))) %>%
gather(key = Var2, value = value, -Var1, na.rm = TRUE, factor_key = TRUE)
输出
# Var1 Var2 value
# 1 X1 X1 1.00
# 5 X1 X2 1.00
# 6 X2 X2 1.00
# 9 X1 X3 0.43
# 10 X2 X3 0.43
# 11 X3 X3 1.00
# 13 X1 X4 0.86
# 14 X2 X4 0.85
# 15 X3 X4 0.38
# 16 X4 X4 1.00
现在,假设有人想使用ggplot2
绘制此相关矩阵:
ggplot(data = cm) +
geom_tile(aes(Var2, Var1, fill = value)) +
scale_fill_gradientn(colours = rainbow(5))
颜色的默认范围是range(cm$value)
,即,它跨越目标变量的整个范围。假设要使用[0.5,0.9]的范围。仅更改limits
变量是无法实现的-仅使用limits
会在绘图上产生灰色区域。可以使用oob = scales::squish
参数来做到这一点(了解其作用):
ggplot(data = cm) +
geom_tile(aes(Var2, Var1, fill = value)) +
scale_fill_gradientn(colours = rainbow(5), limits = c(0.5, 0.9),
oob = scales::squish)
这将确保针对新范围正确调整颜色。