“聚合”后如何绘制（带误差线）？

Question

我有二维数据（2次处理x 3天），目标是绘制折线图，​​以2条线表示均值和误差线。但是，当我使用“绘图”绘制均值时，结果是3×3平方的图形（不知道它是什么）。

数据：

 no. ,Treatment, D1,  D2,  D3
 1, A , 4 , 5 , 5
 2, A , 6 , 6 , 4
 3, A , 5 , 7 , 8
 4, B , 2 , 1 , 3
 5, B , 3 , 2 , 2
 6, B , 3 , 2 , 3

我使用aggregate来计算平均值和标准误差。但是，当我使用plot时，结果很奇怪。

dta=read.table(file ='dta.csv', header = T, sep = ',')

dta.mean=aggregate(dta[,-1:-2], list(dta$Treatment),mean)

plot(dta.mean[1,2:4])

我期望线图由2条线组成（一条是处理A，另一条是处理B），y值是带有误差线的均值。 请帮助我:(非常感谢！

image1：这是错误的结果

image2：预期的一个

Answer 1

让我们逐步进行此操作。希望对您有帮助。

首先，让我们看一下aggregate方法的结果：

  Group.1       D1       D2       D3
1       A 5.000000 6.000000 5.666667
2       B 2.666667 1.666667 2.666667

然后，您对plot的调用包括dta.mean[1,2:4]，因此将选择第1行和第2至4列进行绘制（作为数据框）：

  D1 D2       D3
1  5  6 5.666667

请注意，这仅包括组“ A”（第1行）和3个数字变量（对于D1，D2和D3）。

在数据帧上调用plot时，您将获得问题中提供的散点图矩阵。这显示了6个散点图（D1对D2，D2对D1，D1对D3，D3对D1，D2对D3，D3对D2）。这6个地块中的每一个都只有一个点。例如，D1对D2为D1 = 5，D2 = 6。

这是我要采用的方法：

首先，我将melt数据（reshape2包）：

library(reshape2)
dta.m <- melt(dta[-1], id = "Treatment")

   Treatment variable value
1          A       D1     4
2          A       D1     6
3          A       D1     5
4          B       D1     2
5          B       D1     3
6          B       D1     3
7          A       D2     5
8          A       D2     6
...

这会将您的数据以长格式（而不是宽格式）放置：variable现在是D1，D2或D3，并且value包括这些变量的值。这对ggplot很有帮助和整洁。

接下来，我会aggregate：

dta.mean = aggregate(value~Treatment+variable, dta.m, mean)

哪个应该给您绘图？

  Treatment variable    value
1         A       D1 5.000000
2         B       D1 2.666667
3         A       D2 6.000000
4         B       D2 1.666667
5         A       D3 5.666667
6         B       D3 2.666667

使用ggplot2：

library(ggplot2)
ggplot(dta.mean, aes(x = variable, y = value, group = Treatment, col = Treatment)) +
  geom_line()

要制作错误栏，您将需要再次聚合数据（与进行均值操作相似），并可能使用geom_errorbar。

我希望这对您有所帮助。