Question

我有一个命令nipype.interface.afni.Warp，它为我提供了以下python终端输出：

190920-12:22:00,333 nipype.interface INFO:
         stderr 2019-09-20T12:22:00.333467:++ 3dWarp: AFNI version=AFNI_19.2.21 (Aug 29 2019) [64-bit]
190920-12:22:00,334 nipype.interface INFO:
         stderr 2019-09-20T12:22:00.334117:++ Authored by: RW Cox
190920-12:22:00,365 nipype.interface INFO:
         stderr 2019-09-20T12:22:00.365105:++ Using minimum spacing of 1.000000 mm for new grid spacing
190920-12:22:03,252 nipype.interface INFO:
         stderr 2019-09-20T12:22:03.252756:++ Output dataset /media/sf_Ubuntu_files/dicomtest/warp_test.nii.gz
190920-12:22:03,253 nipype.interface INFO:
         stdout 2019-09-20T12:22:03.253083:# mat44 Obliquity Transformation ::
190920-12:22:03,253 nipype.interface INFO:
         stdout 2019-09-20T12:22:03.253083:      1.000000     -0.000000      0.000000       0.000000
190920-12:22:03,253 nipype.interface INFO:
         stdout 2019-09-20T12:22:03.253083:      0.000000      0.999592     -0.028568      -1.842994
190920-12:22:03,253 nipype.interface INFO:
         stdout 2019-09-20T12:22:03.253083:     -0.000000      0.028568      0.999592       3.788057

我想捕获“＃mat44倾斜变换::”行下方的矩阵并将其写入文件。我已经用bash做到了，它看起来像这样：

3dWarp -flags_and_stuff | \grep  -A 4 '# mat44 Obliquity Transformation ::'  > $filename.1D

但是我想改用python来编写上述bash命令。

按照this blog post的步骤进行了尝试：

command = ['python3' ,"nipype.interfaces.afni.Warp('more stuff').run()"]
my_env = os.environ.copy()
my_env["PATH"] = "/usr/sbin:/sbin:" + my_env["PATH"]
p = subprocess.Popen(command, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.STDOUT, env=my_env)

但是当我输入p.communicate()时，我得到了：

>>> p.communicate()
(b"python3: can't open file 'nipype.interfaces.afni.Warp(<stuff>).run()': [Errno 2] No such file or directory\n", None)

我如何在python中进行这项工作？还是用bash执行更好？我正在编写的脚本将使用该行数千次，因此无论最快（我认为这也意味着最“ pythonic”）方法是这样。

Answer 1

我认为您的python3命令行参数在Python的Popen调用中不正确。与

command = ['python3' ,"nipype.interfaces.afni.Warp('more stuff').run()"]

启动的python3进程认为第一个参数是要执行的文件，但是您打算运行一段Python代码。

将您的command声明更改为以下内容：

command = ['python3' ,'-c', "nipype.interfaces.afni.Warp('more stuff').run()"]

这应该使产生的python3进程将该参数解释为要执行的命令，而不是文件名。

这当然是假设您首先要这样做。如果要在Python中启动Python的子进程，为什么不使用Popen在脚本中运行nipype.interfaces.afni.Warp('more stuff').run()呢？

如何搜索脚本的输出并将子节保存到文件中？

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