为什么Slurm sbatch不运行此rsync命令?

时间:2019-09-14 15:50:12

标签: bash sh slurm sbatch

我正在尝试编写一个简短的bash脚本,以将一些大文件从研究计算集群的大容量存储目录同步到我在同一集群上的个人工作空间。我正在尝试使用sbatch将作业提交到slurm(作业调度软件),但是作业未运行。我对编写Shell脚本还很陌生,所以我可以肯定问题出在我的编写方式上。代码如下:

#!/bin/bash
RUN=$1
ONYEN=$2
FIRST=${ONYEN:0:1}
SECOND=${ONYEN:1:1}
sbatch -t 8:00:00 --mem=36G -c 4 --wrap=\
"rsync --include=*.fastq.gz ${RUN} /output_directory/ -az --progress"

在这里,output_directory实际上是一个更长的路径,但是它包含个人信息,因此我省略了细节。我通过导航到紧邻RUN文件所在的目录来执行脚本,其中包含我要传输的文件。然后,从目录中调用脚本,如下所示:

/scripts_location/script.sh ${RUN} ${ONYEN}

我得到的错误输出是“作业XXXXX已提交”,但是一旦提交,它就会从我的作业队列中消失。

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