我试图在R中使用函数“ forgeBSgenomeDataPkg”在Bsgenome中创建基因组程序包，因此我需要先创建一个种子文件，该文件是Debian Control File或R中的描述格式。 / p>
我只需要针对个人项目这样做。
我所做的是获取BSgenom的exdata上可用的种子文件，并手动更改数据。
............ SEED.NCBI1种子：
包装：BSgenome.Lmajor.NCBI.NCBI1
标题：全基因组序列菌株Friedlin
描述：L.major的完整基因组序列。
版本：NC_007287.2
有机体：利什曼原虫病专业
常用名：利什曼原虫
提供者：NCBI
provider_version：NCBI1
发布日期：2017年6月
release_name：Friedline基因组版本
source_url：https://www.ncbi.nlm.nih.gov
organism_biocview：大利什曼原虫
BSgenomeObjname：Lmajor
seqnames：paste（“ Chr”，c（1:36），sep =“”）
SrcDataFiles：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=Leishmania+major
Pkg示例：基因组$ Chr1＃与基因组[[“” Chr1“]]
seqs_srcdir：C：/用户/ LENOVO /文档
forgeBSgenomeDataPkg（“ C：/Users/LENOVO/Documents/SEED.NCBI1-seed”）
forgeBSgenomeDataPkg（“ C：/Users/LENOVO/Documents/SEED.NCBI1-seed”）中的错误： 种子文件中缺少'seqs_srcdir'参数，并且'seqs_srcdir'字段丢失 另外：警告消息： 在readLines（infile，n = 25000L）中： 在“ C：/Users/LENOVO/Documents/SEED.NCBI1-seed”上找到不完整的最后一行
我不为什么，但是当我只更改seqs_srcdir值时，该函数运行良好。但是，当我更改所有信息时，如上所示，它不起作用。
我是一位生物学家，在使用R进行生物信息学方面的技能真的很差。实际上，我不得不花很多时间来了解那些无法弄清问题原因的小插曲。
forgeBSgenomeDataPkg（“ C：/Users/LENOVO/Documents/SEED.NCBI1-seed”）
这是正确的结果，当我使用Bsgenome存储库中预先可用的种子文件并更改seqs_srcdir值时，我得到了它
包装：BSgenome.Pcruentum.TAIR.TAIR9 发言题目：卟啉卟啉菌（TAIR9）的全基因组序列 说明：TAIR（TAIR9基因组发布）提供并存储在Biostrings对象中的十字花卟啉菌的完整基因组序列。注意，TAIR10是基于与TAIR9相同的基因组组装的“注释发行版”。 版本：1.4.2 生物：卟啉卟啉 common_name：紫菜 提供者：TAIR provider_version：TAIR9 发布日期：2009年6月9日 release_name：TAIR9基因组版本 source_url：http://cyanophora.rutgers.edu/porphyridium/Porphyridium_genome.fasta/ organ_biocview：卟啉卟啉 BSgenome对象名称：Pcruentum seqnames：paste（“ Chr”，c（1：3），sep =“”） SrcDataFiles：http://cyanophora.rutgers.edu/porphyridium/Porphyridium_genome.fasta/TAIR9_chr_all.fas PkgExamples：基因组$ Chr1＃与基因组相同[[“ Chr1”]] seqs_srcdir：C：/ Users / LENOVO / Documents
forgeBSgenomeDataPkg（“ C：/Users/LENOVO/Documents/SEED.TAIR9-seed”） 在./BSgenome.Pcruentum.TAIR.TAIR9中创建包 从FASTA文件'C：/Users/LENOVO/Documents/Chr1.fa'加载'Chr1'序列...完成 从FASTA文件'C：/Users/LENOVO/Documents/Chr2.fa'中加载'Chr2'序列...完成 从FASTA文件'C：/Users/LENOVO/Documents/Chr3.fa'中加载'Chr3'序列...完成 将所有序列写入'./BSgenome.Pcruentum.TAIR.TAIR9/inst/extdata/single_sequences.2bit'...完成 build（pkg =“ BSgenome.Pcruentum.TAIR.TAIR9”） 警告：Rtools是构建R软件包所必需的，但当前尚未安装。
请从http://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/下载并安装Rtools 3.5。 √检查文件'C：\ Users \ LENOVO \ Documents \ BSgenome.Pcruentum.TAIR.TAIR9 / DESCRIPTION'（45.5s） -准备“ BSgenome.Pcruentum.TAIR.TAIR9” ：（ 8.8秒） √检查说明元信息（2.1s） -检查源文件中的LF行尾以及制作文件和Shell脚本（1.3s） -检查空目录或不需要的目录（878ms） -建立“ BSgenome.Pcruentum.TAIR.TAIR9_1.4.2.tar.gz”（1.1秒）
[1]“ C：/Users/LENOVO/Documents/BSgenome.Pcruentum.TAIR.TAIR9_1.4.2.tar.gz”
check（pkg =“ BSgenome.Pcruentum.TAIR.TAIR9”） -建筑物----------------------------------- BSgenome.Pcruentum.TAIR.TAIR9- 设置环境变量： * CFLAGS：-墙-学究 * CXXFLAGS：-Wall -pedantic
* CXX11FLAGS：-Wall -pedantic
警告：Rtools是构建R软件包所必需的，但当前尚未安装。
请从http://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/下载并安装Rtools 3.5。 √检查文件'C：\ Users \ LENOVO \ Documents \ BSgenome.Pcruentum.TAIR.TAIR9 / DESCRIPTION'（3.2s） -准备'BSgenome.Pcruentum.TAIR.TAIR9'：（2.1s） √检查说明元信息（2.1s） -检查源文件中的LF行尾以及制作文件和Shell脚本（2.1s） -检查空目录或不需要的目录（1.7s） -建立“ BSgenome.Pcruentum.TAIR.TAIR9_1.4.2.tar.gz”（1.4秒）
-检查----------------------------------- BSgenome.Pcruentum.TAIR.TAIR9- 设置环境变量： * _R_CHECK_CRAN_INCOMING_REMOTE_：否 * _R_CHECK_CRAN_INCOMING_：否 * _R_CHECK_FORCE_SUGGESTS_：否 -R CMD检查--------------------------------------------- ------------------------ -使用日志目录'C：/Users/LENOVO/AppData/Local/Temp/RtmpaQrJUQ/BSgenome.Pcruentum.TAIR.TAIR9.Rcheck'（3.8s） -使用R版本3.6.1（2019-07-05）（1.2s） -使用平台：x86_64-w64-mingw32（64位）（943毫秒） -使用会话字符集：ISO8859-1（821毫秒） -使用选项'--no-manual --as-cran'（1.6s） √检查文件'BSgenome.Pcruentum.TAIR.TAIR9 / DESCRIPTION'（2.1s） -这是软件包'BSgenome.Pcruentum.TAIR.TAIR9'版本'1.4.2'（1.3s） √检查包名称空间信息（1.8s） √检查包依赖关系（2.5s） √检查这是否是源码包（1.8秒） √检查是否有名称空间（1.3s） √检查.dll和.exe文件（595ms） √检查隐藏的文件和目录（875毫秒） √检查可移植文件名（733ms） √检查序列化版本（650ms） |检查是否可以安装软件包“ BSgenome.Pcruentum.TAIR.TAIR9” ...