在MAC OS Mojave上下载STAR

时间:2019-09-08 22:18:03

标签: bioinformatics

我正在尝试下载STAR的STAR。安装gcc 8.2,并在终端

上输入此命令后
make STARforMacStatic CXX=/Users/local/Cellar/gcc/8.3.0/bin/g++-8

它不断响应

make: *** No rule to make target `STARforMacStatic'.  Stop.

我如何获得这项工作?

2 个答案:

答案 0 :(得分:3)

这几天,您真的不需要下载和手动管理gcc或构建STAR。而是安装Bioconda(即Miniconda + biocondaconda-forge频道),这只是问题

conda install star

答案 1 :(得分:1)

如果您使用brew(如摘要README文件),则此路径(CXX = / Users / local / Cellar / gcc / 8.3.0 / bin / g ++-8)。

从README文件复制并粘贴命令:

$make STARforMacStatic CXX=/usr/local/Cellar/gcc/8.2.0/bin/g++-8

酿造文件的路径是/ usr / local / Cellar。我的:

alex@vosjod:/usr/local/Cellar$ ls -1
adns
aom
bash-completion
bashmarks
ctags
erlang
exiftool
ffmpeg
fontconfig
freetype
frei0r
fribidi
gdbm
gettext
git
gmp
gnupg
gnutls
go
icu4c
jpeg
...