Question

我无法在R命令行或Rstudio中连接到Netezza设备。但是，我可以使用isql和nzodbcsql命令行工具连接到设备。

到目前为止，这是我在Redhat Linux中的配置：
1.已安装unixODBC管理器
2.用户环境变量：

LD_LIBRARY_PATH = / usr / local / nz / lib64（存在Netezza库）。目录的权限是755

NZ_ODBC_INI_PATH = / common / odbc，ODBC配置文件所在的位置。此位置的权限也为755。

3.运行“ odbcinst -j”以检查ODBC文件的配置：

unixODBC 2.3.4
DRIVERS............: /common/odbc/odbcinst.ini
SYSTEM DATA SOURCES: /common/odbc/odbc.ini
FILE DATA SOURCES..: /common/odbc/ODBCDataSources
USER DATA SOURCES..: /common/odbc/odbc.ini
SQLULEN Size.......: 8
SQLLEN Size........: 8
SQLSETPOSIROW Size.: 8

能够使用isql和nzodbcsql查询Netezza（从_v_dual中选择*将返回1条记录）。让我们假设ODBC DNS名称为“ testdsn”

尝试在R会话中使用RODBC：

library(RODBC)
z = odbcConnect("testdsn")
Warning messages:
1: In RODBC::odbcDriverConnect("DSN=testdsn") :
  [RODBC] ERROR: state 01000, code 0, message [unixODBC][Driver Manager]Can't open lib '/usr/local/nz/lib64/libnzodbc.so' : file not found
2: In RODBC::odbcDriverConnect("DSN=testdsn") :
  ODBC connection failed

此错误通常表明LD_LIBRARY_PATH设置不正确。我知道虽然我在命令行上设置了它，但没有为R设置它，所以我在Renviron.site配置文件中进行了设置。

Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH")
[1] "/lib64:/usr/include:/usr/lib64:/usr/local/nz/lib64"

我还在libnzodbc.so文件上运行了一个ldd，并且没有看到任何链接问题：

system("ldd /usr/local/nz/lib64/libnzodbc.so")
        linux-vdso.so.1 =>  (0x00007fff1fdce000)
        libc.so.6 => /lib64/libc.so.6 (0x00007f26ede93000)
        libm.so.6 => /lib64/libm.so.6 (0x00007f26edb91000)
        libpthread.so.0 => /lib64/libpthread.so.0 (0x00007f26ed975000)
        libdl.so.2 => /lib64/libdl.so.2 (0x00007f26ed771000)
        libkrb5.so.3 => /usr/local/nz/lib64/libkrb5.so.3 (0x00007f26ee58a000)
        libkrb5support.so.0 => /usr/local/nz/lib64/libkrb5support.so.0 (0x00007f26ed664000)
        libcom_err.so.3 => /usr/local/nz/lib64/libcom_err.so.3 (0x00007f26ed561000)
        libk5crypto.so.3 => /usr/local/nz/lib64/libk5crypto.so.3 (0x00007f26ed41e000)
        /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007f26ee54c000)
        libresolv.so.2 => /lib64/libresolv.so.2 (0x00007f26ed205000)

我可以通过unixODBC和Netezza命令行工具进行查询，但是不能通过R或Rstudio查询。据我所知，我已经正确设置了R环境变量来查找库路径，但是仍然找不到文件。有人知道我是否还有其他东西吗？

R版本：3.4.4 Netezza驱动程序版本：3.51 Rehat版本：7.6

Answer 1

我想出了如何使其工作的方法。由于某种原因，R似乎忽略了LD_LIBRARY_PATH中的条目。相反，我使用ldconfig添加了库位置。将它添加到那里并加载（通过运行ldconfig -p验证）后，我便可以在R中进行查询。

连接到Netezza的RODBC错误：无法打开lib libnzodbc.so文件

1 个答案: