Question

我正在尝试使用getopts将命令行参数传递给我的工作流脚本，但是代码抛出错误

以下是用于传递命令行参数的代码段

self

我尝试使用选项调用脚本

# take strings as arguments.
while getopts "TDNUW:" opt; do
  case "$opt" in
     T) T="$OPTARG" ;;
     D) D="$OPTARG" ;;
     N) N="$OPTARG" ;;
     U) U="$OPTARG" ;;
     W) W="$OPTARG" ;;
     \?) echo "Usage:[-T T1wfilename] [-D Dfilename] [-N Stream_Number] [-U User] [-W Workflow]";;

    esac
  done 
 shift $(expr $OPTIND - 1)

#Subjects Directory with $U : UserId

SUBJECTS_DIR=/Bio/Bmax/data/imaging_data/$U

#Subjects path with $W : workflow number    

SUBJECT_PATH=$SUBJECTS_DIR/$W

我遇到错误

./code.sh -T dummy_t1t2.nii.gz -D dummy_dti.nii.gz -N 100000 -U Markus -W Workflow_000000000000334

我通过命令行传递的参数未由代码解释，有人可以向我提供一些提示，为什么我的脚本无法识别这些参数。

Answer 1

您需要手动分配要使用的变量。 getopts帮不了您。

在每个字母选项之后需要:来告诉getopts这是一个带有参数的选项。

while getopts "T:D:N:U:W:" opt; do
  case "$opt" in
     T) T="$OPTARG" ;;
     D) D="$OPTARG" ;;
     N) N="$OPTARG" ;;
     U) U="$OPTARG" ;;
     W) W="$OPTARG" ;;
     \?) echo "Usage:[-T T1wfilename] [-D Dfilename] [-N Stream_Number] [-U User] [-W Workflow]" ;;
    esac
 done 
 shift $((OPTIND - 1))

使用getopts传递命令行参数时出现问题

1 个答案: