我尝试运行snakemake,但出现以下错误消息:
缺少规则映射_SE的输入文件: 整理/hira_2..trim.fastq
如您所见,问题在于Snakemake期望样本名称后有两个点,此处为“ hira_2”
实际上,文件夹中的文件具有以下名称: hira_2.trim.fastq
我已经在我的snakefile中定义了此规则:
rule mapping_SE:
input:
r = 'Trimming/{sample}.trim.fastq'
通常,“ sample”的通配符。应该是“ hira_1”,“ hira_2”等
所以我不明白为什么Snakemake在样本名称后添加另一个点..