Snakemake无法识别通配符

时间:2019-08-26 11:06:23

标签: python wildcard snakemake

我尝试运行snakemake,但出现以下错误消息:

  

缺少规则映射_SE的输入文件:   整理/hira_2..trim.fastq

如您所见,问题在于Snakemake期望样本名称后有两个点,此处为“ hira_2”

实际上,文件夹中的文件具有以下名称: hira_2.trim.fastq

我已经在我的snakefile中定义了此规则:

rule mapping_SE:        
    input:
        r = 'Trimming/{sample}.trim.fastq'

通常,“ sample”的通配符。应该是“ hira_1”,“ hira_2”等

所以我不明白为什么Snakemake在样本名称后添加另一个点..

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