Question

首先，我是docker世界中的新手。

我在使用闪亮的应用程序运行docker映像时遇到问题。通常，我在Windows中使用R-Studio，而我闪亮的应用程序可以与我的app.R文件中的“运行应用程序”一起正常工作。

首先，我不得不说我使用了此tuto，并且它具有简单的闪亮应用程序版本，效果很好。

但是对于我的应用程序来说，它有很多软件包，而且我想它们之间有很多依赖关系，但事实并非如此。当我在本地主机上浏览器时，出现以下消息：'发生了错误。应用程序无法启动。应用程序在初始化过程中退出了。。

在查找.log文件时，我有这种警告（我在R-Studio上有相同的消息）：

 Attaching package: ‘DT’

    The following objects are masked from ‘package:shiny’:

        dataTableOutput, renderDataTable


    Attaching package: ‘dplyr’

    The following objects are masked from ‘package:stats’:

        filter, lag

我对此并不十分担心（即使我想我可以做得更好并且删除一些依赖项），但是我的主要问题是，我想在这里：

.....
**Error in library(tm) : there is no package called ‘tm’
Calls: runApp ... sourceUTF8 -> eval -> eval -> ..stacktraceon.. -> library
Execution halted
su: ignoring --preserve-environment, it's mutually exclusive with --login**

.....

似乎某些软件包无法安装在R版本的dockerfile中。我不明白这是因为我在Windows中使用R 3.5.3，并将R 3.5.3放在dockerfile上。

我构建另一个容器，方法是删除dockerfile上的此tm包，并删除我的app.R上的“ library（tm）”，运行此新映像...，日志文件中的下一条错误消息为“ library（magick）” ：没有名为“ magick”的软件包，依此类推...至少无法读取3个软件包。

这是我的整个dockerfile：

# Install R version 3.5.3
FROM r-base:3.5.3

# Install Ubuntu packages
RUN apt-get update && apt-get install -y \
    sudo \
    gdebi-core \
    pandoc \
    pandoc-citeproc \
    libcurl4-gnutls-dev \
    libcairo2-dev/unstable \
    libxt-dev \
    libssl-dev

# Download and install ShinyServer (latest version)
RUN wget --no-verbose https://s3.amazonaws.com/rstudio-shiny-server-os-build/ubuntu-12.04/x86_64/VERSION -O "version.txt" && \
    VERSION=$(cat version.txt)  && \
    wget --no-verbose "https://s3.amazonaws.com/rstudio-shiny-server-os-build/ubuntu-12.04/x86_64/shiny-server-$VERSION-amd64.deb" -O ss-latest.deb && \
    gdebi -n ss-latest.deb && \
    rm -f version.txt ss-latest.deb

# Install R packages that are required
# TODO: add further package if you need!
RUN R -e "install.packages(c('shiny','readxl','stringr','DT','plyr','dplyr','ggplot2','plotly','scales','magrittr','rclipboard','shinythemes','Rmisc','data.table','qmap','wordcloud2','stringi','radarchart','leaflet','forcats','timevis','shinyWidgets','XLConnect','XLConnectJars','shinyalert','shinyjs','sqldf','sodium','glue','V8','lubridate'), repos='http://cran.rstudio.com/')"

# Copy configuration files into the Docker image
COPY shiny-server.conf  /etc/shiny-server/shiny-server.conf
COPY /app /srv/shiny-server/

# Make the ShinyApp available at port 80
EXPOSE 80

# Copy further configuration files into the Docker image
COPY shiny-server.sh /usr/bin/shiny-server.sh

CMD ["/usr/bin/shiny-server.sh"]

如您所见，我有很多要安装的软件包，我想它们之间的许多依赖关系可能不好。

这是我的Shiny-server.conf文件：

access_log /var/log/shiny-server/access.log tiny;
preserve_logs true;

# Define the user we should use when spawning R Shiny processes
run_as shiny;

# Define a top-level server which will listen on a port
server {
  # Instruct this server to listen on port 80. The app at dokku-alt need expose PORT 80, or 500 e etc. See the docs
  listen 80;

  # Define the location available at the base URL
  location / {

    # Run this location in 'site_dir' mode, which hosts the entire directory
    # tree at '/srv/shiny-server'
    site_dir /srv/shiny-server;

    # Define where we should put the log files for this location
    log_dir /var/log/shiny-server;

    # Should we list the contents of a (non-Shiny-App) directory when the user 
    # visits the corresponding URL?
    directory_index on;
  }
}

最后是我的Shiny-server.sh文件：

#!/bin/sh

# Make sure the directory for individual app logs exists
mkdir -p /var/log/shiny-server
chown shiny.shiny /var/log/shiny-server

exec shiny-server >> /var/log/shiny-server.log 2>&1

我的app文件夹包含我的app.R文件和一些excel（一些大型excel文件），也许这可能是一个坏因素...

预先感谢您的帮助

我该如何使用多个软件包对我的Shinyapp进行docker化（无法识别的软件包）

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