具有Bonferroni多重比较的双向方差分析

时间:2019-08-23 11:05:24

标签: r anova

我从R开始,尝试使用Bonferroni多重比较计算双向方差分析。我的数据集有两个变量,治疗(对照,100mg / mL ....)和时间间隔(0-1,1-2,....)。我想确定对照组和每个时间段内治疗之间的差异。输出应类似于下图:

[Output table[1]

我尝试了以下代码,但是它不起作用。

#Select Control Group
knime.in$"Group" <- relevel(knime.in$"Group", "Control")

#Compute Two-way ANOVA
anova <- aov(knime.in$"Distance moved center-point Total cm" ~ knime.in$"Time Segment" + knime.in$"Group", data = knime.in)
anova_stat <- as.data.frame(capture.output(summary(anova)))

#Comnpute post-comparison 1
library(multcomp)
posthoc = glht(anova,
               linfct = mcp("knime.in$Group"="Tukey"))
bonf = summary(posthoc, test=adjusted("bonferroni"))


#Compute post-comparison 2
library(multcomp) 
Bonf_G <- glht(anova, linfct = mcp("knime.in$Group" = "Tukey"))
#Bonf_T <- glht(anova, linfct = mcp("knime.in$Time Segment" = "Tukey"))
#Convertir TEXTO Dunnet a dataframe
Bonf_stat <- as.data.frame(capture.output(summary(Bonf_G)))

我尝试了两种方法,但没有一种有效。

有人可以指出我的正确方向吗?

P.D .:我在Knime中执行R,所以我不得不在数据框中转换摘要。

谢谢。

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