Question

我需要安装在2019年之前发布的rdkit库版本，该版本已删除对Python 2的支持。需要使用此库：https://github.com/brain-research/deep-molecular-massspec

我已经从git页面下载了库，例如。 https://github.com/rdkit/rdkit/releases/tag/Release_2018_09_1，并尝试使用pip从中进行安装。

sudo pip install rdkit-Release_2018_09_1b1.tar.gz

我收到以下错误：

正在处理./rdkit-Release_2018_09_1b1.tar.gz 来自命令python setup.py egg_info的完整输出：追溯（最近一次通话）：文件“”，第1行，位于 IOError：[Errno 2]没有这样的文件或目录：'/tmp/pip-ohIcaj-build/setup.py'
---------------------------------------- Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in /tmp/pip-ohIcaj-build

我也尝试过使用pip安装特定版本：

sudo pip install rdkit==2018.09.01

哪个给：

收集rdkit == 2018.09.01找不到满足要求的版本要求rdkit == 2018.09.01（来自版本：）无匹配项找到rdkit == 2018.09.01
的发行版

有人可以告诉我该怎么做吗？

Answer 1

@paisanco是正确的，尝试通过pip安装rdkit无效。除非您要从Anaconda进行构建，否则安装rdkit的最简单方法是使用source。

如果已安装Anaconda，则可以创建python 2.7虚拟环境：

conda create --name test-env python=2.7

然后您可以激活它：

conda activate test-env

然后安装所需的rdkit版本：

conda install -c rdkit rdkit=2018.09.1

使用Python：

import rdkit
print rdkit.__version__
[Out]: '2018.09.1'

Answer 2

问题在于，根据该站点，您下载的是一个tar存档，其中包含该库的源代码，而不是pip包。

因此尝试使用pip进行安装将无法正常工作。

RDKit项目主页提供了其他选项，可用于安装1）在Anaconda conda虚拟环境中进行安装2）从Windows，Linux和Mac的源代码（已下载的内容）中进行安装。

这些说明位于RDKit installation instructions

Answer 3

conda create -n my_env python=3.7
conda activate my_env
conda install numpy matplotlib 
conda install cmake cairo pillow eigen pkg-config
conda install boost-cpp boost py-boost

并下载rdkit软件包https://anaconda.org/rdkit/rdkit/files

# finally
conda install rdkit-2020.09.1b1.0-py37hd50e099_1.tar.bz2

如何为Python2安装特定版本的rdkit库？

3 个答案: