Question

我试图对具有交叉分类嵌套的数据集执行多次插补（即，数据嵌套在两个彼此不嵌套的不同分组变量中；以下代码中的group1和group2）。为了说明多层结构，我在miceadds包中使用method =“ 2l.pmm”。但是，当我运行代码时，出现错误消息：

“ z0 * u [index_clus，1：NR，drop = FALSE]中的错误：不合格的数组

我想知道为什么我收到此消息。

我要估算的完整数据集有279行和188列。因为我在研究中采用计划中的缺失，所以其中约120列需要估算。为了缩小错误代码的原因，我尝试将数据集减少为两个分组变量和两个其他变量。当我添加第二个分组变量（group2）作为预测变量时，似乎出现了问题。

library(mice)
library(miceadds)

#Partial dataset
dat <- data.frame(
     group1 = #Grouping variable 1
c(44,17,12,3,19,28,28,16,47,33,28,42,50,38,22,33,15,44,33,28,7,47,38,16,49,23,11,17,28,50,49,17,38,31,28,49,17,22,26,11,45,10,26,7,60,7,17,37,44,16),
     group2 = #Grouping variable 2
c(34,26,40,6,40,9,11,40,36,36,9,39,36,36,36,36,36,36,36,7,3,40,4,40,7,36,36,26,11,36,7,40,36,11,9,7,26,40,36,36,36,31,36,19,31,19,36,7,36,11),
     VarA = #Response to a survey item
c(3,2,3,NA,NA,5,4,4,NA,2,3,NA,NA,4,4,3,NA,3,3,NA,2,NA,NA,2,NA,4,NA,NA,5,NA,NA,4,4,NA,4,5,2,4,1,NA,2,3,NA,NA,4,3,NA,2,2,NA),
     VarB = #Response to another survey item
c(4,NA,NA,3,2,3,1,NA,3,2,NA,5,2,NA,2,NA,1,2,NA,2,NA,NA,NA,3,4,NA,2,NA,NA,NA,2,3,4,4,4,4,2,NA,NA,2,1,3,2,2,3,3,NA,NA,1,4))

#Imputation method
medat <- make.method(dat)
medat[c("group1","group2","VarA","VarB")] <- c("","","2l.pmm","2l.pmm")

#Predictor matrix
mepred <- make.predictorMatrix(dat)
mepred[c("VarA","VarB"),c("group1","group2")] <- -2
mepred[c("group1","group2")] <- 0

#Imputation
impdat <- mice(dat,method=medat,predictorMatrix=mepred,m=5,maxit=5,seed=5000)

我怀疑该错误可能是由于某些组的样本大小仅为1；但是，当包含的变量仅为group1，VarA和VarB时，代码将运行。有些级别的group1的样本大小仅为1，因此这似乎不是问题。

代码或数据集可能引起错误的哪些潜在问题？任何输入将不胜感激！

Answer 1

在解决同一问题后，我找到了可能对您（和其他人）有帮助的解决方案。就我而言，问题出在预测矩阵中。我定义了clustervariable如下：

mepred [,"group1"] <- -2

但是，我忘记将对角线设置为0：

mepred ["group1", "group1"] <- 0

在您的情况下，您似乎没有正确定义集群变量。示例中的以下代码：

mepred[c("VarA","VarB"),c("group1","group2")] <- -2
mepred[c("group1","group2")] <- 0

将mepred从矩阵强制为数字变量。除非我误解了如何对数据进行群集，否则应将group1和group2设置为-2，然后将对角线设置为0。因此：

mepred <- make.predictorMatrix(dat)
mepred[c("VarA","VarB"),c("group1","group2")] <- -2
mepred[c("group1","group2")] <- 0

但是，当我使用您的数据执行此操作时，也会出现错误。您是否检查过是否可以使用2l.pmm识别2个不同的群集变量？如果我只标识1（即group1），则脚本可以运行并起作用。也许您可以将group1和group2中的信息合并到一个变量中？

“ z0 * u [index_clus，1：NR，drop = FALSE]中的错误：不一致的数组”使用2l.pmm方法运行鼠标时发生错误

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