在R上,我有几个以_tcount.tsv结尾的文件,这些文件是从基因组学分析输出的。我正在遵循书面程序。在脚本下面运行以读取文件。
```
ls = list.files(pattern = "_tcount.tsv")
df = do.call(cbind, Map("cbind", lapply(ls, read.delim, skip=2,header=T),sample=gsub("//..*","",ls)))
```
问题出自下一步,当我尝试使用select()重塑'df'时,它抱怨 “由于某些参数具有相同的名称Traceback,因此无法绑定数据:”
当我查看summary(df)时,我得到每个文件的摘要输出作为单独的摘要。 dim(df)仅显示仅一个文件的尺寸,而不显示整个文件的尺寸。下一个代码
dfsprd <- df %>% select(sample, Name, CoverageOnTs, ConversionOnTs) %>%
gather(variable, value, CoverageOnTs, ConversionOnTs) %>%
unite(var, variable, sample) %>%
group_by(var) %>% mutate (id=1:n()) %>%
spread(var, value)
我需要处理的示例代码如上所述 但是在第一个select()命令中出现了上述错误。 我想念什么?
在代码上发现我的错误。
应该是rbind
而不是cbind
,因此应该是错误消息。
感谢大家的回应。