根据R

时间:2019-08-10 16:44:44

标签: r ggplot2 survival-analysis cox-regression

我正在尝试根据Cox模型创建一条调整后的生存曲线,并希望将这些信息显示为累积事件。

我已经尝试过:

library(survival)
data("ovarian")
library(survminer)

model<-coxph(Surv(futime, fustat) ~ age + strata(rx), data=ovarian)

gplot<-ggadjustedcurves(model) ## Expected plot of adjusted survival curve

由于"fun="尚未实现ggadjustedcurves,因此我接受了user on this page的建议,将元素提取到plotdata中,并创建了一个新列,如下所示

plotdata<-gplot$data
plotdata%<>%
  mutate(new=1-surv) ## 1-survival probability

我是R环境和ggplot的新手,那么我该如何使用新创建的列绘制新的调整后生存曲线,并保留原始图的主题(包含在gplot中)。

谢谢!

编辑:

我当前的解决方法如下。

library(rms)
model<-coxph(Surv(futime, fustat) ~ age+ strata(rx), data=ovarian)

survfit(model, conf.type = "plain", conf.int = 1)
plot(survfit(model), conf.int = T,col = c(1,2), fun='event')

这可以达到我想要的生存曲线,但是我不确定置信度是否真的是标准误差(+/- 1)。我为conf.int提供了1,并相信这样做会产生标准错误,因为conf.type被指定为纯文本。

由于基础图看起来平淡无奇,我该如何进一步自定义该图!如何获得尽可能靠近Survminer曲线的显示?

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