我正在尝试根据Cox模型创建一条调整后的生存曲线,并希望将这些信息显示为累积事件。
我已经尝试过:
library(survival)
data("ovarian")
library(survminer)
model<-coxph(Surv(futime, fustat) ~ age + strata(rx), data=ovarian)
gplot<-ggadjustedcurves(model) ## Expected plot of adjusted survival curve
由于"fun="
尚未实现ggadjustedcurves
,因此我接受了user on this page的建议,将元素提取到plotdata
中,并创建了一个新列,如下所示
plotdata<-gplot$data
plotdata%<>%
mutate(new=1-surv) ## 1-survival probability
我是R环境和ggplot
的新手,那么我该如何使用新创建的列绘制新的调整后生存曲线,并保留原始图的主题(包含在gplot中)。
谢谢!
编辑:
我当前的解决方法如下。
library(rms)
model<-coxph(Surv(futime, fustat) ~ age+ strata(rx), data=ovarian)
survfit(model, conf.type = "plain", conf.int = 1)
plot(survfit(model), conf.int = T,col = c(1,2), fun='event')
这可以达到我想要的生存曲线,但是我不确定置信度是否真的是标准误差(+/- 1)。我为conf.int
提供了1,并相信这样做会产生标准错误,因为conf.type
被指定为纯文本。
由于基础图看起来平淡无奇,我该如何进一步自定义该图!如何获得尽可能靠近Survminer曲线的显示?