如何从entrezpy管道获得结果

时间:2019-08-09 18:13:26

标签: pubmed

我正在使用entrezpy.conduit.Conduit库中的entrezpy管道,如下所示,以在pubmed数据库中搜索关键字。

    c = entrezpy.conduit.Conduit(apikey='my_api_key', email='my_email')
    fetch_pipeline = c.new_pipeline()
    sid = fetch_pipeline.add_search({'db': 'pubmed', 'term': my_search_term, 'rettype': 'abstract', 'sort': 'Date Released', 'mindate': 2018, 'maxdate': 2019, 'datetype': 'pdat'})
    fid = fetch_pipeline.add_fetch({'retmax': 2, 'retmode': 'text', 'rettype': 'fasta'}, dependency=sid)
    result = c.run(fetch_pipeline)

当我运行这段代码时,一切似乎都是正确的并且可以正常工作,但是代码本身(我认为run()方法)会在输出中自动打印一些结果(发布的摘要)。但是,我希望将结果放在一个对象中,以便可以按自己的方式读取它们。

result的类型为EfetchAnalyzer,当我为此调用get_result()时,它只是返回一个布尔值。我想知道如何将运行管道的结果存储在变量中?

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