Question

我正在尝试与coxph安全地使用purrr ::，以便捕获错误消息。我已经制作了如下安全版本的coxph

library(survival)
library(purrr)

coxph_safe <- safely(coxph)

当我唯一的输入是公式和数据时，这非常有效，但是，如果我添加另一个输入（例如子集或权重），则会收到以下错误消息：

eval（substitute（subset），data，env）中的simpleError：..3在不正确的上下文中使用，没有...可以查看

有人需要额外的输入时，有人知道如何安全地应用到coxph吗？使用静默方式（而不是安全方式）以及创建lm的安全版本并指定一个子集时，也会遇到相同的错误。我正在使用R 3.6.1和purrr 0.3.2。目前，我已经制定了一种解决方法，在应用coxph_safe之前先对数据进行子集化，但是最好知道是否有更好的解决方案。

这是一个简单的例子：

test1 <- list(time=c(4,3,1,1,2,2,3), 
              status=c(1,1,1,0,1,1,0), 
              x=c(0,2,1,1,1,0,0), 
              sex=c(0,0,0,0,1,1,1))

# Without subset
coxph(Surv(time, status) ~ x, test1) # Works as expected
coxph_safe(Surv(time, status) ~ x, test1) # Works as expected

# With subset
coxph(Surv(time, status) ~ x, test1, subset = !sex) # Works as expected
coxph_safe(Surv(time, status) ~ x, test1, subset = !sex) # Error!

修改

在相关说明中，将方差分析应用于通过coxph_safe生成的coxph对象时，也会遇到类似的错误。

cox_1 <- coxph(Surv(time, status) ~ x, test1) # Works as expected
anova(cox_1) # Works as expected

cox_1s <- coxph_safe(Surv(time, status) ~ x, test1) # Works as expected
anova(cox_1s$result) # Error in is.data.frame(data) : ..2 used in an incorrect context, no ... to look in

据我所知，这与调用的存储方式有关。我可以通过覆盖通话来解决它。

cox_1$call # coxph(formula = Surv(time, status) ~ x, data = test1)
cox_1s$result$call # .f(formula = ..1, data = ..2)
cox_1s$result$call <- cox_1$call
anova(cox_1s$result) # Now works as expected

有没有更好的办法解决这个问题？

Answer 1

这实际上与testdata <- read.table(text = " History Survive 1 111111111111111211111111111111111111 FALSE 2 111111111111111110000000000000000000 TRUE 3 000111222111111111111111111111110000 FALSE 4 111111111111111111111111100000000000 TRUE 5 011231111111111111111111111111111111 FALSE 6 111111234111111111111111110000000000 TRUE", header = TRUE, stringsAsFactors = FALSE, colClasses = c("numeric", "character", "logical"))没有关系。问题是函数嵌套。考虑：

purrr::safely

其失败的真正原因与the behavior of substitute() inside nested functions有关。 f <- function(...) {coxph(...)} f(Surv(time, status) ~ x, test1) # Works f(Surv(time, status) ~ x, test1, subset=!sex) # Error使用coxph()，而substitute()创建一个嵌套函数，导致我的链接中所述的情况。

要解决此问题，我们需要将safely()包装到可以正确处理非标准评估（NSE）的函数中：

coxph()

新函数不再遇到相同的嵌套问题，可以安全地传递给coxph_nse <- function(...) {eval(rlang::expr(coxph( !!!rlang::enexprs(...) )))}：

safely()

如何安全地使用Coxph和子集或权重？

1 个答案: