Question

我正在研究SLURM集群，我需要添加一个指向bwa的路径。我遵循了以下说明：https://docs.oracle.com/cd/E19062-01/sun.mgmt.ctr36/819-5418/gaznb/index.html，并且在更新了我使用的~/.bashrc文件之后：

source ~/.bashrc

现在我的~/.bashrc文件的内容：

# .bashrc

# Source global definitions
if [ -f /etc/bashrc ]; then
        . /etc/bashrc
fi

# Uncomment the following line if you don't like systemctl's auto-paging feature:
# export SYSTEMD_PAGER=
export PATH=/path/to/bwa                  # added only this line
# User specific aliases and functions
export LC_CTYPE=en_US.UTF-8
export LC_ALL=en_US.UTF-8

现在每个命令我都会收到以下错误：

-bash: bwa: command not found
-bash: ls: command not found
-bash: cat: command not found
-bash: vim: command not found
-bash: nano: command not found

因此，在执行上述命令之前，似乎使用了其他~/.bashrc来加载路径，并且由于我的文件不包含所有这些路径，因此我无法再执行命令。你知道我该如何解决这个问题？

UPD ：

我设法解决了。如果您也不是bash / linux专家，并且遇到相同的问题，那么您要做的就是查找具有系统范围别名的bashrc和profile文件（我在{{1中找到了它们}}目录），然后使用相同的/etc命令。这将使一切恢复正常。之后，您可以更新本地source文件，以按照所选答案中的说明为命令添加路径。

Answer 1

您mentioned使用了PATH=/path/to/bwa，这将覆盖完整路径。

相反，您需要添加PATH=$PATH:/path/to/bwa之类的路径，以使用旧的PATH plus 作为新条目。

执行“ source〜/ .bashrc”后找不到所有命令

1 个答案: