当我在Sun Grid Engine上启动阵列作业时，我怎么知道它需要多长时间？

Question

当我在Sun Grid Engine上启动阵列作业时，如何在以后获取所有作业所需的时间？即我想知道从我提交jub的那一刻起，直到最后一个工作完成的那一刻。 （我不想知道所有工作消耗了多少CPU时间。）

我这样提交：

qsub -e GE_errors/ -o GE_out/ SGE_execute

我的SGE执行脚本如下所示：

#!/bin/sh
#$ -t 1-100
~/bin/intersectBed -c -s -a infile_$SGE_TASK_ID -b template.bed > outfile_$SGE_TASK_ID

任何帮助表示赞赏。谢谢。

Answer 1

简单的方法可能只是查看GE_errors和GE_out目录中最早和最新的时间戳。

或者，如果你设置了SGE的sidekick ARCo accounting system，你可以在sge_job和sge_job_usage表中看到所有这些信息（以及更多信息）。

例如，假设您的qsub命令返回给您的作业号，您可以获得其唯一ID和提交时间，如下所示：

select j.j_id, j.j_submission_time from sge_job j where j.j_job_number = ?

你可以找到所有子任务的最大完成时间，如下所示：

select max(u.ju_end_time) from sge_job_usage u where u.ju_parent = <j_id from up above>

然后减去。

请注意，上述“Sun”Wiki的文档并不完美。 （这就是我今天首先来到stackoverflow的原因。：）