Question

我想在给定高度切割一棵树时找到簇的数量。

树在R中属于“树状图”类，因此我一直在使用dendextend包进行探索。

示例：

# Create a dend:
dend <- 1:5 %>% dist %>% hclust %>% as.dendrogram
# Plot it:
dend %>% plot

当我指定例如“ height = 3”（请参见生成的图的y轴）时，我想查找多少个簇。

在高度3处，我应该得到答案“ 2”，因为在该高度处，一条水平线应击中两条垂直线，因此会生成两个簇。

在“高度= 1.5”时，答案应该为“ 3”，因为三行交叉等等。

我正在使用类dendrogram的对象，因为我的原始数据是Newick格式的，并且我只找到了read.dendrogram()函数来解析此树。我已经使用as.hclust()将此类转换为hclust类，但仍然找不到答案。

此外，如果有人知道如何通过指定高度来绘制生成的聚类，那将会有所帮助。

Answer 1

您要使用来自dendextend的美眉

library(dendextend)
dend <- 1:5 %>% dist %>% hclust %>% as.dendrogram
length(unique(cutree(dend, h = 1.5)))