Question

我有一个简单的python脚本，可以打开H5文件，编辑一些数据并关闭它。由于某种原因，它在我第一次运行脚本时有效，但是在第二次尝试时崩溃。

我期望错误是我没有关闭文件，但实际上我确实关闭了。如下所示，我编辑了backR frontR字段，并创建了两个新的Manufacturer和Status字段，然后关闭。

f = h5py.File(filename, 'r+')
backR = f['back_R']
backR[...] = SelectedBackCoat
frontR = f['front_R']
frontR[...] = SelectedFrontCoat
f.create_dataset('manufacturer', data=SelectedManu)
f.create_dataset('status', data=SelectedState)
f.close()

第二次我为相同文件运行脚本以处理以下问题：

  File "h5py\h5f.pyx", line 85, in h5py.h5f.open

OSError: Unable to open file (file is already open for read-only)

Answer 1

文件仍处于打开状态，也许您的脚本未到达f.close()？从this answer到this question，您可以尝试先强制关闭所有打开的文件。尽管您应该真正调试为什么仍然打开文件。

pytables（h5py使用）跟踪所有打开的文件并提供一种简单的方法来强制关闭所有打开的hdf5文件。

import tables
tables.file._open_files.close_all()

如果使用with语句，即使发生异常，也可以强制关闭文件：

with h5py.File(filename, 'r+') as f:
    f.write(...)

无法打开以前打开的H5

1 个答案: