使用biopython生成Weblogo时,差距是关键错误

时间:2019-07-19 14:09:04

标签: python bioinformatics biopython

我已比对蛋白质序列,并希望使用biopython生成一个weblogo。由于序列中的间隔,代码导致KeyError ='-'。有帮助吗?

instances = [Seq("GNKGIRELDVTNAGVIVSSYK-PGLVTEMN", IUPAC.protein),
             Seq("GNKGIRELDVTNAGVIVSSYK-PGLVTEMN", IUPAC.protein),
             Seq("GNRGIRRLEVTNAGI-ISSYKHPGWVTDMG", IUPAC.protein),
            ]

m = motifs.create(instances, IUPAC.protein)
m.weblogo("mymotif.png")

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