Biopython是否具有“排除未培养的样品”和“来自材料的序列”的论点?

时间:2019-07-17 20:34:42

标签: python bioinformatics biopython blast ncbi

我正在使用biopython对细菌菌株进行爆炸搜索,但是!普通的爆炸搜索可以为我提供所有菌株,但我只需要注释清楚的菌株(不是普通查询附带的所有数据转储)。

常规解决方案: blast的浏览器版本允许您通过选中两个复选框来排除“未培养的/环境样品序列”以及“对来自类型材料的序列的限制”。

是否可以使用Biopython来实现这些选项?

基本上,我想知道是否可以使用其他参数,以使浏览器版本使用复选框产生效果。

#What I am Doing (and works)
from Bio.Blast import NCBIWWW
my_query = NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", query_sequence)
#I want something like
from Bio.Blast import NCBIWWW
my_query = NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", query_sequence, exclude = 'uncultured', limit_seqs_from_type_material = True)

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