如何获取初始值?
我认为坡度有问题
我知道模型是修改后的希尔方程
logFC_max是上限(5)-下限(-1)
Smax是该基因的最高灵敏度(1 / EC50)
tmax是具有最高灵敏度的时间点
Sdur表示灵敏度间隔持续时间的量度。
head(ctr)
t c y logy logc logt
1 1 0 100 4.60517 -Inf 0.0000000
2 1 0 100 4.60517 -Inf 0.0000000
3 1 0 100 4.60517 -Inf 0.0000000
4 2 0 100 4.60517 -Inf 0.6931472
5 2 0 100 4.60517 -Inf 0.6931472
6 2 0 100 4.60517 -Inf 0.6931472
(time <- unique(ctr$t))
[1] 1 2 4 6 8 24 30 48 54 72
fo <- logy ~ logFC_max / (1+exp(-slope*(log(c)-log(1/(s_max*exp(-0.5*(log(t)-log(t_max))/s_dur)^2)))))
ctr_nls <- nls(fo,
data = ctr,
start = list(logFC_max = 6, slope = -10, s_max = 4.619, t_max = 72, s_dur = 8))
numericalDeriv(form [[3L]],names(ind),env)中的错误: 另外:警告消息: 在log(1 /(s_max * exp(-0.5 *((log(t)-log(t_max))/ s_dur)^ 2)))中: 产生的NaNs