Question

我有一系列的R代码，这些代码旨在在其他计算机上运行。也就是说，所有代码都相对于一个根目录，该根目录包含一个Rstudio项目文件.Rproj。没有绝对文件路径。当我实际打开Rstudio，加载.Rproj文件然后运行代码时，此方法工作正常。

但是，我的某些代码要花几个小时才能运行，因此我需要设置多个脚本才能一个接一个地运行。这意味着创建一个.sh文件，然后从命令行依次运行R脚本。但是，我的程序都无法从命令行成功运行，因为根目录不再设置为.Rproj文件的根目录。我已经阅读了有关可以使用here包的信息，它将自动将根目录设置为.here文件所在的位置。对我来说不是这种情况。

它自动使用的工作目录是我正在使用的计算群集上的主目录。我所有文件（包括.Rproj和.here文件）所在的区域位于另一个目录中，在该目录中我分配了更多空间。两者都可以从公共父目录访问，因此我假设here（）函数将能够找到我想实际用于运行工作的目录。但是事实并非如此。

有效地，我想将根目录设置为一个位置，该位置不是我使用的系统上的默认根目录。我在这里放置了一个.here文件，但是这里并没有位于here（）函数，这是它的主要目标。有关如何进行的任何想法？

编辑：我正在UNIX系统上工作。 R版本3.4.2。

Answer 1

您是否尝试在shell脚本中简单地添加一个cd /the/path/where/you/put/the/files命令？

根据this documentation，here（）“使用合理的启发式方法，根据加载包时的当前工作目录来查找项目的文件”。 Shell脚本中的“ cd”（ c hange d irectory）命令可更改当前工作目录。

Answer 2

我的问题与您的相似，但不完全相同。也许我的解决方案对您有用。当我打开一个RStudio项目时，我发现如果我调用“ library（here）”，则将根目录设置为.Rproj文件所在的位置，尽管“ here”软件包文档中的“ set_here”也不会更改该目录。。也许我做错了什么，但是我决定使用一个简单的R函数（在目录树中向上移动直到找到“ .here”文件）解决该问题。然后加载“ here”包，并将根目录设置在所需的位置。

我在R之外的终端中使用“ touch .here”来设置我的根目录，然后从新打开的R项目中调用“ init_here（）”：

init_here <- function() {
  `%!in%` = Negate(`%in%`)
  files <- dir( all.files = T )
  while ( ".here" %!in% files & getwd()!="/" ) {
    setwd("..")
    files <- dir( all.files = T )
  }
  library(here)
}

用例- 在Unix中：

cd( '~/myRoot' )
touch( '.here' )

在RStudio中，当我打开一个项目时，调用如下：

R version 4.0.2 (2020-06-22) -- "Taking Off Again"
< R information removed for clarity >

[Workspace loaded from ~/myRoot/myProject/.RData]

> getwd()
[1] "/Users/me/myRoot/myProject"
> init_here()
here() starts at /Users/me/myRoot
> here()
[1] "/Users/me/myRoot"
>

我现在可以在每个RStudio项目的根目录中放置一个“ .here”文件，并为每个项目独立设置所需的根目录。如果想花哨的话，可以将函数放在每个项目的.Rprofile中，以便在打开项目时便可以运行。我所有的项目在“ R”目录上方的目录中都有.Rproj文件，因此我的.Rprofile如下：

source("./R/init_here.R")
init_here()

希望有帮助。

无法使用R中的here包将工作目录设置到另一个位置

2 个答案: